Tuttavia, ben presto Lhote si spostò verso il cubismo, esibendosi in mostre cubiste a partire dal 1912.
Fu soprattutto il rigore costruttivo del movimento cubista ad attrarlo e a fargli sviluppare uno stile razionale e geometrico, cercando contemporaneamente di conservare un legame con la pittura tradizionale, mettendo su tela soggetti figurativi presi dalla vita di tutti i giorni, come ritratti, paesaggi e nature morte.[1]
Lo scoppio della prima guerra mondiale interruppe momentaneamente il suo lavoro, che riprese dopo il congedo dall'esercito nel 1917, quando tornò a produrre opere in stile cubista.
Lhote è infatti ricordato anche per essere autore di pregevoli scritti teorici sull'arte, come il Trattato della figura, edito nel 1950.
In questi anni tenne molte conferenze e insegnò in diverse prestigiose accademie e scuole d'arte di Parigi, compresa la scuola da lui fondata a Montparnasse; tra i suoi allievi vi fu lo svedese Bengt Lindström.
Negli ultimi anni della sua vita ricevette numerosi premi per la sua carriera, che continuò con decorazioni e murali, come quelli della facoltà di medicina di Bordeaux eseguiti nel 1957.