Nel 1782, su richiesta dei genitori, sposò l'erbprinzAntonio Luigi di Hohenzollern-Sigmaringen. La sua nuova città non fu di suo gusto, tuttavia, e tre settimane dopo la nascita del figlio Carlo fece ritorno nel 1785 nella sua città natale di Parigi. Lì suo fratello, che sarebbe diventato il principe Federico III, era impegnato nella costruzione dell'Hôtel de Salm come residenza parigina della famiglia dei Salm-Kyrburg e un luogo di ritrovo per molti membri dell'alta nobiltà.
Dopo venti anni trascorsi a Parigi la Principessa tornò nel 1822 nell'Hohenzollern-Sigmaringen, dove visse per prima in un allegato dell'ex convento di Inzigkofen e più tardi in un residence chiamato Prinzenbau, che suo marito aveva costruito per lei a Sigmaringen. Una parete rocciosa nel Donautal nel Hohenzollern-Sigmaringen è chiamata Amalienfelsen in suo onore.
Carlo (1785-1853), Principe di Hohenzollern-Sigmaringen, sposò in prime nozze nel 1808 la principessa Antoinette Murat (1793–1847) ed in seconde nozze nel 1848 la principessa Caterina di Hohenlohe-Waldenburg-Schillingsfürst (1817–1893)
(DE) Bumiller, Casimir: Von Napoleons Gnaden - Die Fürstinnen von Hohenzollern-Sigmaringen und von Fürstenberg wollten 1806 die Souveränität ihrer Herrschaften erhalten, in: Momente, Beiträge zur Landeskunde von Baden-Württemberg, 3/2006 ISSN 1619-1609
(DE) Gunter Haug: Die Schicksalsfürstin. Amalie Zephyrine, die Retterin von Hohenzollern, 2005 ISBN 3-87181-025-8