Adalberto, figlio naturale legittimato di Galeazzo I Pallavicino, marchese di Busseto, chiamò Alessandro in tribunale per la restituzione dei feudi, ma, dopo la morte del duca Ottavio (1586), nel 1587 Alessandro Farnese ordinò il sequestro dei possedimenti dei Pallavicino, sostenendo che avevano perso la natura di feudi imperiali. Alessandro venne imprigionato e condotto nella Rocchetta di Parma e scarcerato solo dopo la consegna delle sue rocche ai Farnese. Quindi si ritirò a Salò, ma citò in tribunale il suo usurpatore. La lite durò 47 anni e nel frattempo erano morti Alessandro Farnese e il suo successore, Ranuccio. Solo il duca Odoardo I Farnese riuscì a ricomporre la situazione e nel 1636 i Pallavicino ritornarono in possesso delle loro terre. La tregua durò solo un anno perché i Farnerse ripristinarono la loro sovranità sullo Stato Pallavicino.
Nel 1640 fece l'offerta per l'acquisto di Lanciano, che passerà al presidente di Chieti Michele Pignatelli, e infine alla Casa D'Avalos nel 1647.