Az archeológiai leletek szerint a terület a késői bronzkor és a vaskor ideje alatt lett benépesítve.[3] Zagorjet először mint Sagor említik 1296-ban az Aquileiai patriarkátus iratai. A későbbi írott formákban még Zaegor, Sager, Seger és Cagoer nevek alatt is szerepel. 1755-ben szénlerakatot fedeztek fel a környéken és a város elkezdett gazdaságilag fejlődni. A szénbányászat volt a község legfontosabb gazdasági ágazata egészen 1995-ig, amikor az utolsó bányát lezárták.
