Annak ellenére, hogy az Egyenlítő áthalad az országon, az éghajlat a legtöbb helyen szavannaszerű, mert az átlagmagasság 1000 m környékén van, ezért kisebb az átlaghőmérséklet, mint a trópusokon, és ez a növényzeten is meglátszik.
Eső tekintetében speciális a helyzet, de hasonló, mint a szavannákon. Míg ott egy esős és egy száraz évszak van, addig Ugandában három évszak van: 2 rövid, száraz és egy hosszú, esős. Az első száraz időszak decembertől februárig, a második júniustól augusztusig.
Statisztika
Terület
Összes terület: 241 038 km² Ebből szárazföld: 197 100 km² Ebből víz: 43 938 km²
Uganda földrajzi elhelyezkedése és változatos domborzata határozzák meg és tagolják az ország éghajlati viszonyait.
Az alacsonyabban fekvő területeken és az Egyenlítő mentén az éghajlat trópusi. A hőmérséklet alig változik, átlagos hőingás 5 fok körül van egész évben. Az átlaghőmérséklet igen magas, kb. 26 °C. A csapadékmennyiség 1 000 - 1 500 mm között változik. Ezért a páratartalom is nagyon magas, 90%-os.
A magasabb területeken (ez az ország döntő többsége) az éghajlat speciális trópusi, de a szavannákhoz hasonlít leginkább. Ez azt jelenti, hogy a csapadékmennyiségen kívül minden tényező különbözik az általános trópusitól. Az átlaghőmérséklet kb. 21 °C körül van, a hőingás nagyobb, 8 - 10 °C körüli. A csapadékmennyiség hasonlít csak a trópusi éghajlathoz, kb. 1 000 - 1 500 mm. A páratartalom jóval kisebb, csak 50 - 60% körüli.
Afrika területét az előidőbengránit fedte, ez volt az Afrikai-ősföld. 400 millió évvel később a tenger elöntötte a területet, és ez 150 millió évig így is maradt. Ezalatt tengeri üledékek rakódtak le a tengerben. Az óidőben a területről visszaszorult a tenger, és a terület vetődni kezdett, és táblás vidékké alakult. A harmadidőszakban a felszín feldarabolódott, ekkor keletkeztek a mai röghegységek és a tűzhányók. Ilyen Ugandában az Elgon-hegy.
Vízrajz
Folyóvizek
A folyóvizek három irányból érkeznek:nyugatról, a kongói magashegységekból, keletről, a kenyai hegyekből, vagy délről, a Viktória-tó felől. Érdekesség, hogy az összes folyó nem az Indiai-óceán, nem is az Atlanti-óceán, hanem a Földközi-tenger vízgyűjtő területe. Ugyanis a Viktória-tóból ered a Fehér-Nílus, amely 4 országon keresztül a Földközi-tengerbe torkollik, így más folyóvizek is a Nílusba folynak.
A Viktória-tó az afrikai kontinens legnagyobb tava, a világ legnagyobb trópusi tava és felülete alapján a világ második legnagyobb édesvizű tava. A méretéhez képest sekély, átlag 40 és legfeljebb 84 méter vízmélységű, ezért vízmennyisége alapján (2750 köbkilométer) csak a hetedik a világ édesvizű tavai közt. A Viktória-tó a Nílus leghosszabb felső ágának, a Fehér-Nílusnak a forrása. Vízgyűjtő területe 184 ezer km².
Az Edward-tó az afrikai Nagy-tavak egyike, a Nagy-hasadékvölgyben. Északi partja néhány kilométerre az Egyenlítőtől délre húzódik.
A tó 920 méteres magasságban terül el, legfeljebb 40 kilométer széles és 77 kilométer hosszú. Területe 2150 négyzetkilométer és ezzel Afrika 15. legnagyobb tava.
Az Albert-tó (Albert Nyanza korábban Mobutu Sese Seko-tó) egyike Afrika közepén. A Nagy-hasadékvölgy tavai közül a legészakibb.
Az tó víztükre a tengerszint felett 619 méteres magasságban terül el. Hossza mintegy 161, szélessége 32 kilométer. Legnagyobb mélysége 51 méter. Területe 5374 km², víztérfogata 132 km³.
Szélsőpontok
A következőkben az ország azon területei vannak említve, amelyek a legészakibb, keletibb, nyugatibb és délibb ponton vannak.
Legkeletibb pont - megnevezetlen terület Kenya határán, Nakapiripirit megyében.
Legdélibb pont - megnevezetlen terület Ruanda határán, a Bunyonyi-tó déli részén, Kabale megyében.
Uganda őserdeiben és szavannáin ritka és jellegzetesen a vidékre jellemző növény is élnek, például a védett páfrányfaj a barna mahagóni(wd), a szavannákon előforduló kolbászfa és az afrikai tulipánfa.