Mivel az ország nagy részét magashegység foglalja el, így a vasúthálózat nem túl kiterjedt. Három részre bontható: egy vonal Dusanbébe és környékére vezet, egy az ország délnyugati felében található, egy pedig a Fergana-medencében. A három részt csak Üzbegisztánon keresztül lehet összekötni.