16 éves volt, amikor apja, a város kültanácsának tagja meghalt, mire 1747-ben elhagyta szülővárosát, és Bécsbe ment; innét azonban csakhamar Pozsonyba tért vissza, ahol két évig folytatta tanulmányait. Azután Zittauban tanult három évig. 1752. január 14-étől a Lipcsei Egyetemen az orvostudományt hallgatta, s 1759-ben orvosdoktorrá avatták. 1762-ben mint gyakorló orvos Chemnitzben telepedett le, ahol mellékesen kedvenc foglalkozását, a füvészetet folytatta s különösen a moháknak górcsövi tanulmányozása útján szerzett kiváló ismereteket. Fölfedezéseit koronként közzétette a német szakfolyóiratokban.
1781-ben Lipcsébe költözött. 1786-ban az egyetem orvosi karában rendkívüli tanár lett és 1789-ben a botanika rendes tanára. 1791-ben a lipcsei tanács a Tamás-iskolánál orvosnak alkalmazta. A mohák tanulmányozásával korszakot alkotott. Fölfedezte 1774-ben a mohák ivaros szaporodását és ezzel a szentpétervári egyetemtől a virágtalanok szaporodó műszereinek fölfedezésére kitűzött 1783. évi pályadíjat kapta. Korszakos botanikai fölfedezéseiért a londoni, stockholmi s más tudós társaságok tagul választották.
Vorläufige Anzeige meiner Beobachtungen von den wahren Geschlechtstheilen der Moose und ihrer Fortpflanzung durch Saamen. Leipzig, 1718 (Sammlungen zur Physik und Naturgeschichte I. 3.)
Fundamentum historiae naturalis muscorum frondosorum, concernens eorom flores, fructus, seminalem propagationem, adjecta dispositione methodica iconibus illustrata. Leipzig, 1782–83, két kötet
Theoria generationis et fructicationis plantarum cryptogamicarum Linnaei… St. Petersburg, 1784, két rész 37 tábla rajzzal (2. kiadás. Lipcse, 1798)
Sammlung meiner zerstreuten Abhandlungen. St. Petersburg, 1793–97, két kötet
Hedwig species muscorum frondosorum descriptae et tabulis aeneis 77 coloratis illustratae. Opus posthumum ed. a Friderico Schwaegrichen. St. Petersburg, 1801
Lumnitzer. Flora Posoniensis cz. munkája számára H. a mohákat dolgozta ki. A mohákat ábrázoló kézi rajzainak egy része a m. n. múzeumba került.
Constantin von Wurzbach: Hedwig, Johann. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. 8. Theil. Kaiserlich-königliche Hof- und Staatsdruckerei, Wien 1862, S. 190–193 (Digitalisat). (németül)
Heinrich Wilhelm Reichardt: Hedwig, Johann. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 11, Duncker & Humblot, Leipzig 1880, S. 230 f.
Anonym: Kurze Lebensgeschichte des Professors Johann Hedwig, S. 440ff. in: Der Gesellschaft naturforschender Freunde zu Berlin, Neue Schriften. 2. Bd., 1799, (online)