Gago már utánpótlás-éveit is a Boca Juniorsnál töltötte, a felnőttcsapatban 2004. december 5-én mutatkozott be, a Quilmes ellen.
Jó teljesítményének köszönhetően 2006-ban már több európai sztárcsapat, például a Real Madrid és a Barcelona is szerette volna megszerezni.[1][2]
Real Madrid
A befutó végül a Real Madrid lett, amely 2006. november 20-án jelentette be az ő és honfitársa, Gonzalo Higuaín leigazolását. Madridba szerződése után így nyilatkozott:
„
Mindig arról álmodtam, hogy egyszer magamra ölthetem ezt a mezt, s ez az álom most valósággá vált.
”
– Fernando Gago
Első meccsét már 2007. január 7-én le is játszotta, a Deportivo ellen.[3] Ezen a meccsen nem nyújtott jó teljesítményt, le is lett cserélve, helyére Ronaldo állt be.[4] A Zaragoza ellen már jóval jobb teljesítményt nyújtott, ekkor a Real 1–0-s győzelmet aratott.[5] A szezon végén a csapatnak végül sikerült megszereznie a bajnoki címet.
A következő idény előtt mezszámot váltott, a 16-os helyett a 8-as lett az övé. Ez a szezon már jóval jobban sikerült számára. Fokozatosan kiszorította Mahamadou Diarrát a kezdőcsapatból, és többször is rendkívül jó teljesítményt nyújtott. Év végén a Real zsinórban második, története harmincegyedik bajnoki címét ünnepelhette.
A 2008-09-es szezon elejét ki kellett hagynia egy BATE Bariszav elleni BL-meccsen összeszedett sérülés miatt. Ebben a szezonban szerezte meg első gólját, a Sevilla ellen.
A következő idényben a középpályán történt erősítések miatt jóval kevesebbet játszott, Kaká és Cristiano Ronaldo érkezésével leginkább csereként jutott csak szerephez. Összesen tizennyolc mérkőzésen lépett pályára.
Miután itt létszám feletti játékossá vált, a 2011-es átigazolási időszakban a Real Madrid új csapatot keresett neki. A két jelölt az AS Roma és a Palermo volt.
Az AS Romában
Végül az AS Roma jött ki győztesen a versenyfutásból, és szerezte meg az argentin játékost 1 évre kölcsönbe.[6]
31 bajnokin egy gólt szerzett, a farkasok nem véglegesítették nyáron.
Valencia
2012 augusztusában 3,5 millió euróért szerződtette négy évre a Valencia.
A válogatottban
Első komolyabb nemzetközi sikerét az U20-as csapattal érte el, amellyel 2005-ben világbajnok lett.
A felnőttválogatottban 2007-ben mutatkozhatott be, azóta negyvenhárom mérkőzésen lépett pályára, gólt nem szerzett. Legutóbb 2012. október 17-én, Chile ellen lépett pályára címeres mezben.