A klubot 1907-ben alapította Nurizade Ziya Songülen, Ayetullah Bej és Necip Okaner IsztambulKadıköy negyedében, a Moda Başpınar utca 3. szám alatt, titokban, mert abban az időben II. Abdul-Hamid szultán minden, sporttal – és különösen labdarúgással – kapcsolatos gyülekezést tiltott. Később azonban engedélyezték a sportklubok létrehozását, így a Fenerbahçe már részt vehetett az 1908-as bajnokságban. Első sikerüket az 1911–12-es szezonban érték el.[2]
Az egyesület szerint a valódi alapítási dátum azonban nem 1907, hanem 1899, ekkor alakult meg ugyanis a Black Stocking FC, akiket nagyjából ugyanazok a fiatalok hoztak létre, mint nyolc évvel később a Fenerbahçét.[3] Az alapítók a klubot lakóhelyükről, a Fenerbahçe-félszigetről nevezték el, ahol egy rég nem világító világítótorony (fener) állt. A klub színeiül a félsziget jellemző növényének, a nárcisznak a színeit, a sárgát és a fehéret választották, a címerbe pedig a félsziget szimbóluma, a világítótorony került.[4] 1910-ben a klub színeit és logóját megváltoztatták a ma is ismertekre. 1912-ben a labdarúgáson kívül más sportágakkal is foglalkozni kezdtek, így a klub nevét Fenerbahçe Futbol Kulübüről Fenerbahçe Spor Kulübüre változtatták.[5]
A Fenerbahçe alapszínei a kék és a sárga, az emblémájukat 1910-ben a bal hátvéd szerepét betöltő Topuz Hikmet álmodta meg és Tevfik Haccar készítette el Londonban. A logó színei jelentéssel is bírnak: a fehér az egyszerűséget és tisztaságot, a piros a török zászlót és a szenvedélyt, a kék a nemességet, a sárga a szurkolók szeretetét szimbolizálja, míg a zöld tölgyfalevél az erőt testesíti meg.[9] A fehér sávban a klub neve és az alapítás éve (1907) olvasható.
A klub beceneve, a Sárga Kanári hivatalosan nincs használatban, csak a szurkolók hívják így. Az elnevezést a rajongók először Cihat Armankapusra ragasztották rá, aki rendszeresen sárga mezben lépett pályára, a beceneve pedig „repülő kapus” volt. Később a sárga kanári becenév a klubra is átragadt.[10] Az egyesület saját magát a honlapján Sarı-Lacivertler-nek, azaz „Sárga-Kékeknek” nevezi.
A Fenerbahçe stadionja, a Şükrü Saraçoğlu Stadion IsztambulKadıköy kerületében található. 1908-ban vatták fel, Aziz Yıldırım elnöksége idején, 1999-ben kezdődött meg a stadion teljes átalakítása. A négy tribünből hármat két éven belül teljesen átépítettek és kibővítettek. Két tribün átépítését szponzorok segítségével tudták véghezvinni, így ezeket a szponzorok, a Migros szupermarket-hálózat és a Telsim GSM-szolgáltató után nevezték el. Az átalakítások a következő években is folytatódtak, 2002–2003-ban az összes tribünt befedték, 2005-ben pedig az utolsó, Numaralı elnevezésű tribünt is elbontották és újat építettek a helyére Fenerium néven. Itt tartják majd az UEFA-kupa döntőjét 2009-ben.[13]
2005 októbere óta a stadionban található a korábban többször is költöztetett Fenerbahçe Múzeum.
Oktatási intézmény
A klubot működtető FB Sportif Hizmetler San. ve Tic. A.Ş. cég egy óvodából, általános iskolából és gimnáziumból álló oktatási komplekszumot is működtet Özel Fenerbahçe Eğitim Kurumları (Fenerbahçe Oktatási Magánintézmények) néven. Az intézmény 2003 óta működik, mint magániskola, 30 000 m²-en.[14]