A klub elődjét közvetlenül a II. világháború után alapították a szabadságért nemzeti mozgalom tagjai. Kezdetben a csapat játékosai a katonák közül kerültek ki. 1946. február 4-én kapta a Partizani elnevezést.
Az albán bajnokságot és az albán kupát egyaránt 15 alkalommal nyerték meg. 1970-ben elhódították a Balkán-kupa serlegét is.
2010-ben történetük során első alkalommal kiestek az élvonalból. A 2011–12-es idény után ismét visszakerültek.