Brökl József és Obele Mária fiaként született. Édesapja molnárként dolgozott. Az ifjú József a negyedik elemit és a gimnázium hat osztályát Veszprémben végezte. 1874. szeptember 17-én nyújtotta be felvételi kérelmét a zirci ciszterciekhez, így a hetedik osztályt már magántanulóként végezte el a zirci gimnáziumban. Érettségi vizsgája kitűnő eredménnyel sikerült. Zircre visszatérve 1877. június 25-én tett egyszerű fogadalmat. Tanulmányait 1880-ban fejezte be,[2] ennek igazoló okirata már a magyarosított Békefi József Remig névre állíttatott ki. 1880. július 16-án ünnepi fogadalmat tett, ifjú kora miatt csak 1881. augusztus 7-én szentelték pappá.
Supka Jeromos apát az 1880/81. tanévben Pécsre rendelte, ahol történelem és földrajz szakon képezte magát tovább. Tüdővérzése miatt sokat betegeskedett, emiatt a tanítással is fel kellett hagynia egy időre. Ezt az időszakot a szentgotthárdi kolostorban töltötte, és itt érett meg azon elhatározása is, hogy megírja rendjének történetét. Sikeres tanári vizsgát tett Kerékgyártó Árpád Alajos történelem- és Hunfalvy János földrajztanárok előtt a budapesti tudományegyetemen 1882-ben,[2] majd az 1882/83. tanévben újra Pécsre rendelték. Hunfalvy János biztatására kezdett foglalkozni Keszthely magyar lakói néprajzi hagyományainak tanulmányozásával, s tulajdonképpen az első rendtörténettel kapcsolatos munkáját írta meg Keszthely és környékének néprajza címmel. Ezzel az alapvető helytörténeti munkával egyúttal a bölcsészdoktori tudományos fokozatot is megszerezte.
Mivel egészségi állapota továbbra sem javult, így a pécsi főgimnáziumban nem taníthatott. Supka Jeromos apát így a zirci novinciátusokhoz küldte, ahol tanári és apáti jegyzői feladatokat látott el. Békefi első, monografikus jellegű rendtörténeti munkája, A pilisi apátság története 1184–1541 1891-ben jelent meg Pécsett, Supka Jeromos apát költségén. Ez a mű a tervezett zirci, pilisi, pásztói és szentgotthárdi ciszterci apátságok történetének első kötetét alkotta. A következő évben jelent meg a második kötet, mely az 1541–1814 közötti időszakot taglalta. Ezzel nyerte el a szakmai elismerésen felül a hittudományi kar Horváth-féle 300 forintos jutalmát, valamint rendtársai is felfigyeltek rá.
Ez idő tájt volt esedékes Supka Jeromos apát utódjának megválasztása is, ahol Békefi a szavazatok egyharmadát nyerte el, azonban másokkal ellentétben ő éppen azért imádkozott, hogy ne az ő gyönge vállaira helyezzék a rend vezetésének súlyos terhét. Egyetemi katedrát kapott, majd az újonnan megválasztott apát, Vajda Ödön rendfőnök gróf Csáky Albin oktatási miniszterhez fordult, hogy Békefi Remig egyetemi magántanárrá történő kinevezését elősegítse.
Békefi 1893. március 13-án tartotta székfoglaló előadását, melynek címe Az Árpádkori magyar történelem bölcselete volt. A magántanári hivatással egyidejűleg a rendje hazai történetével és a magyar művelődéstörténettel kapcsolatos adatokat gyűjtésére is lehetősége nyílt. 1894-ben, Pécsett jelent meg újabb kötete A czikádori apátság története címmel, melyben a ciszterci apátságok feldolgozásának folytatása volt.
Emlékkönyv, melyet Magyarország ezeréves fennállásának ünnepén közrebocsát a hazai cziszterczi Rend c. 1896-ban megjelent munkájának elismeréseképpen 1896. május 15-én Magyar Tudományos Akadémia Bölcsészeti, Társadalmi és Történeti Tudományok Osztálya Történettudományi Alosztályába választotta a levelező tagjai közé. Október 2-án tartotta székfoglaló felolvasását A ciszterek középkori iskolázása Párizsban címmel.
Folytatta kutatómunkáját: a tervezett zirci, pilisi, pásztói és szentgotthárdi ciszterci apátságok történetének harmadik része, A pásztói apátság története I. kötet. 1190–1702. 1898-ban látott napvilágot Budapesten. Másfél évtized leforgása alatt 50 köz- és magánlevéltár anyagát kutatta át majd dolgozta fel ezen munkájában. Monostortörténeti terve félbemaradt, mivel egyetemi feladatai és az iskoláztatás történetének megírása miatt túl nagy terhet róttak volna a vállára. A ciszterci Rend múltja Magyarországon c. tanulmányában 800 évre tekintett vissza, Békefi kutatásainak köszönhetően az évszázadok során alapítottak kolostorok közül 25 szerzetesi és 4 apácakolostor létezésére derült fény.
Az egyetemen tisztelet és szeretet övezte, tanítványaira mint munkatársakra tekintett, dolgozataikat a Művelődéstörténeti értekezések több mint hetven dolgozatot közreadó sorozatában publikálta. A diákok egymás között Fra Angelico néven emlegették professzorukat.
A Hogyan lettek a ciszterciek tanítórenddé Magyarországon? című értekezését a pásztói és pilisi apátság visszaállításának, valamint az egri gimnázium rendi kézre való visszajuttatásának 100. évfordulójára alkalmából készítette el 1902-ben.
1908. április 30-án került be a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagjai közé, az elhivatottan végzett, nagy forrásanyagot feldolgozó munkájának, valamint a közép- és újkori magyar egyház- és oktatástörténet, illetve a ciszterci rend és a magyarok külföldi iskolázásának kutatásában elért tudományos eredményeinek érdemeként. Február 8-án tartotta székfoglaló előadását A pécsi egyetem címmel.
Vajda Ödön Pál 1911. július 11-én bekövetkezett halála után a rend tagjainak többsége Békefi Remiget óhajtotta a megüresedett apáti székbe. Az apátválasztás 1911. szeptember 19-én zajlott le, melyet követően november 21-én kinevezést nyert a királytól. 1912. január 6-án pedig hornburgi gróf Hornig Károly veszprémi püspök avatta Békefit a 47. zirci apáttá. Kinevezését követően tanári állásáról lemondott, ám 1912. május 15-én ennek ellenére megkapta a nyilvános rendes tanári címet és jelleget. Ebben az évben megalapította a budai Szent Imre Gimnáziumot.[2]
Tudományos munkásságát az Orvosok, betegségek és gyógyítás Magyarországon az Árpádok korában c. 1912-ben megjelent füzetével zárta le.
A történelmi viszonyok megváltoztával Békefi Remig egy olyan önálló rendi szervezet kiépítésén kezdett munkálkodni, amely csupán a római generális apáttól függ. XI. Piusz pápaExstat in Hungaria kezdetű brévéjével került sor a Ciszterci Rend Zirci Kongregációjának elismertetésére 1923. január 27-én, melynek Békefi prézes apátja lett.
A sok munka aláásta egészségét is, már betegen fogott neki 1924 tavaszán, hogy meglátogassa a rendi kolostorokat és gimnáziumokat. Vizitációs körútját Egerben fejezte be. Itt hunyt el május 21-én hurutos tüdőgyulladás következtében, mint a történelmi Magyarország utolsó zirci apátja. Négyesy László akadémikus, irodalomtörténész egri ravatalánál, egykori tanítványa, gróf Klebelsberg Kuno vallás- és közoktatásügyi miniszter pedig zirci temetésén búcsúztatta.
Emlékezete
Emlékművét 1934-ben állították fel a Zirci Arborétum területén.
1926–52 között a mai Béri Balogh Ádám utca viselte a nevét.[2]
Téglás Gábor: Középkori iskoláztatásunk történetéből. Békefi Remig: A káptalani iskolák története Magyarországon 1540-ig; s.n., s.l., 1911
Dolgozatok Békefi Remig egyetemi tanári működésének emlékére; írták tanítványai; Stephaneum Ny., Bp., 1912
Hozanna mellyel Békefi Remig József a zirci, pilisi, pásztói és szentgotthárdi ciszterci-rendű apátságok apátját ünnepélyes beiktatása alkalmával üdvözölték szerető szerzetes fiai; Stephaneum Ny., Bp., 1912
bártfai Szabó László: Békefi Remig emlékezete; Stephaneum Ny., Bp., 1934 (Szent István Akadémia emlékbeszédei)
Domanovszky Sándor: Békefi Remig r. tag emlékezete; Akadémia, Bp., 1935 (A Magyar Tudományos Akadémia elhunyt tagjai fölött tartott emlékbeszédek)
