Két év telt el az első rész befejezésétől, Bourne és Marie Goában, Indiában élnek. Jason még mindig nem tud visszaemlékezni múltjára, csak apró foszlányok ugranak be az álmaiban korábbi életére vonatkozóan, amikor hirtelen feltűnik egy bérgyilkos, hogy eltegye őket láb alól. A hajszában Marie hal meg, és Bourne ismét egyedül kezd hozzá, hogy felderítse múltját és bosszút álljon.
A film során Európa számos nagyvárosában, mint például Berlinben, Nápolyban válik egyre izgalmasabbá a történet.
