A portugál nagydíj volt a 2006-os MotoGP-világbajnokság tizenhatodik, utolsó előtti futama. A versenyt Estorilban rendezték október 15-én.
A királykategória versenyét Toni Elías nyerte, a negyedlitereseknél Andrea Dovizioso végzett az élen, míg a 125 köbcentiméteres kategóriában Álvaro Bautista diadalmaskodott.