תוארו ניתן לו בזכות תפקידו - שימש כסגן הכוהנים בבית המקדש.
סגן הכוהנים אחראי על עבודת כל הכוהנים ומיועד להחליף את הכהן הגדול אם ייפסל לעבודת המקדש. לפיכך היה הסגן השני בחשיבותו לכהן הגדול כפי שמעיד רבי חנינא בעצמו על כך:
אמר רבי חנינא סגן הכהנים: למה סגן ממונה? שאם אירע בו פסול בכהן גדול, נכנס ומשמש תחתיו.
עוד מציינים חז"ל שבאותה תקופה כהנים גדולים היו מתחלפים מדי שנה, ובמצב כזה כנראה נשאר ר' חנינא בתפקיד הסגן גם כשהתחלפו הכהנים הגדולים בזמן כהונתו. ייתכן שמסיבה זו כונה רבי חנינא "סגן הכהנים" ולא בביטוי "הסגן" השגור לרוב בגמרא.
אמרותיו
רבות מאמרותיו עוסקות בענייני עבודת הכהנים ובית המקדש. למשל, יש במסכת פסחים סוגיה מפורסמת (בגלל אורכה, כשבעה דפים בש"ס וילנא) בדיני טומאה וטהרה שנקראת על שמו, כיוון שמתחילה על פי אמירתו: ”רבי חנינא סגן הכהנים אומר: מימיהם של כהנים לא נמנעו מלשרוף את הבשר שנטמא בוולד הטומאה עם הבשר שנטמא באב הטומאה אע"פ שמוסיפין טומאה על טומאתו” (תלמוד בבלי, מסכת פסחים, דף י"ד, עמוד א')
עוד מאמרותיו הבולטות:
רבי חנינא סגן הכהנים אומר: הוי מתפלל בשלומה של מלכות שאלמלא מוראה איש את רעהו חיים בלעו.
חשיבות מיוחדת נתונה לעובדה, שאמרה זו נאמר בשעה שחז"ל מספרים שבדורות החורבן היו כוהנים גדולים רבים ש"זכו" במשרתם באמצעות "מינוי מטעם" מהשלטון הרומאי, מינוי שקנו אותו בכסף או בהתחייבויות אחרות, ולא בשל התאמתם לתפקיד, כך שלמרות הבעיות שגורמת המלכות, מדגיש רבי חנינא שעלינו להתפלל לשלומה של מלכות.
מותו
בהלכות גדולות כתוב ״בעשרים ושלשה בסיון בטלו הבכורים מלעלות לירושלים בימי ירבעם בן נבט בעשרים וחמשה בו נהרג רבן שמעון בן גמליאל ור׳ ישמעאל בן אלישע ור' חנניה סגן הכהנים."[1] דברים אלו הובאו גם בארבעה טורים ובשולחן ערוך[2]. במדרש עשר גלויות נמנה ר' חנינא סגן הכהנים בין עשרת הרוגי מלכות[3].
