לפי האגדה, ישב 12 (או 13) שנה ולמד תורה בבית רבי עקיבא רבו. כשהגיעה זמן בתו להינשא שלחה לו אשתו מכתב, והודיעה לו על כך. כשנשאר ללמוד ולא חזר לביתו ידע רבי עקיבא על כך, ודרש: כל מי שיש לו בת – ילך וישיאנה!
חזר רבי חנניא אל עירו, אך כיוון שהשתנו פני העיר לא מצא את ביתו. מה עשה? הלך והתיישב ליד הבאר, עד שהגיעה קבוצת נשים ושמע אחת קוראת: בת חכינאי, מלאי את כדך! ידע שזאת בתו, עקב אחריה ונכנס לביתו. אשתו, שלא הייתה מוכנה לכך – ראתה אותו ונבהלה, עד שיצאה נשמתה. התפלל עליה רבי חנניא ואמר: ״רבונו של עולם, ענייה זו זה שכרה?״ ביקש רחמים עליה וחייתה.[2]
”אותו היום שהוציאוהו להריגה ערב שבת היה. אמרו לו תלמידיו: רבי, רצונך שתטעם משהו קדם שתיהרג? אמר להם: עד עתה התעניתי, ועתה איני יודע איזה דרך אלך, ואתם אומרים לי לאכול ולשתות? התחיל בקידוש היום – "ויכולו" עד "ויקדש" – ולא הניחוהו לגמור עד שהרגוהו. יצאה בת-קול ואמרה: אשריך ר' חנינא בן חכינאי, שהיית קדוש, ויצאה נשמתך בקדושה”.
