בתקופת מרד אבשלום, צדוק ואביתר, יחד עם בניהם, אחימעץ בן צדוק ויונתן בן אביתר, נשארו נאמנים לדוד, והופיעו יחד עם ארון הברית, כשבדעתם להצטרף אל דוד בבריחתו. דוד סירב לסיוע זה, ושלח אותם חזרה לעיר, אך מינה את בניהם כרצים שתפקידם ליידע אותו על ההתפתחויות בעיר ולהעביר את מסריו של חושי הארכי.
בתום המרד, שמשו צדוק ואביתר בתור שליחיו של דוד אל זקני יהודה ואל עמשא בן יתר, כדי לשכנעם להמליך את דוד מחדש.
במאבק הירושה בין אדוניהו לבין שלמה, צדוק צידד בשלמה והמליך אותו במשיחה[7]. נאמנותו השתלמה, אביתר, שותפו לכהונה, גורש וצדוק, שנמשח מחדש לכהונה בד בבד עם משיחת שלמה[8], נשאר כהן גדול יחיד. לפי הנאמר בספר יחזקאל, רק בני צדוק ראויים לכהונה גדולה. בכך התמלאה למעשה הנבואה לעלי הכהן בשילה, והכהנים לבית עלי, שאביתר היה מצאצאיו, פסקו מלכהן ככהנים הגדולים בממלכת יהודה.
כניסתו לכהונה גדולה
חז"ל, על פי הקושי בפסוקים המתארים את מעשי הכהנים במרד, בו נראה כי אביתר הוא המנהיג, אך דוד פונה אל צדוק[9] מזהים נקודה זו כנקודה שבה נדחה אביתר וצדוק החל לשמש ככהן גדול במקומו:
כל כהן שאינו מדבר ברוח הקודש ושכינה שורה עליו אין שואלין בו - שהרי שאל צדוק (באורים ותומים) ועלתה לו, אביתר - ולא עלתה לו...
במונח המקרא, הכהנים בני צדוק הם כהנים צאצאי "צדוק הכהן". בעת תקופת בית ראשון הם אובחנו כנאמנים לָקדוש ברוך הוא בזה שלא נכנעו לעבוד עבודה זרה בעת ששאר העם - ועימם הכהנים - בחרו באלילויות שונות למיניהם.
בספר יחזקאל מופיע שרק הכהנים הללו יטלו את שירות העבודות העיקריות בבית המקדש השלישי. על פי המסורת, מתנאי בחירת כהן גדול הוא שהנבחר יהיה מן הכהנים בני צדוק[10]. וכן עולי בבל הקפידו על כך בעת ייסוד בית שני[11].
צאצאיו של צדוק המשיכו לכהן במשרת הכהונה הגדולה עד שאנטיוכוס הרביעי הפקיע אותה מידיהם בשנת 172 לפנה"ס, לאחר הדחתם המשיכו צאצאיו לכהן ככהנים גדולים במקדש חוניו עד לסגירתו בשנת 73 על פי פקודת השלטונות הרומאים[12].
רב האי גאון ראה בבני צדוק סמל לצדקות וליושר, כיהוידע הכהן שנודע בצדקותו, ושיבח כהנים צדיקים כ"ממשיכי דרכו של צדוק": ”כל כהן תמים בדרכיו, מצוין באורחותיו ומיושר במעשיו, משכים ומעריב בבתי כנסיות ובבתי מדרשות, ושומר עצמו מכל דבר רע ומכל טומאה - הרי זה מבני צדוק הכהן ומבני יהוידע הכהן, וראוי שתשרה עליו רוח הקדש” (אגרת רבינו האי גאון, גנזי קדם כרך ד דף נד).
ההשערה לצמיחת כת הצדוקים
לפי השערתו של ד"ר אברהם גייגר[13], שמה של כת הצדוקים שפרחה בשלהי תקופת בית שני נגזר משמו של צדוק, כיוון שראשיה היו כהנים גדולים וייתכן שהתייחסו לצדוק. כמוהו סבורה גם פרופ' רחל אליאור מן האוניברסיטה העברית, שלטענתה מגילות קומראן, המיוחסות בידי כותביהן ל"כהנים בני צדוק ואנשי בריתם", נכתבו על ידי הצדוקים, ואילו האיסיים לא היו קיימים כלל; טענות אלה נדחו על ידי רוב חוקרי המגילות. עוד מציינים החולקים על השערתו של גייגר כי הייחוס לצדוק ממרחק של כמעט אלף שנים הוא בעל סבירות נמוכה, וכי בדברי חז"ל מוזכר שמקימי הכת היו צדוק וחבירו בייתוס, מתלמידי אנטיגנוס איש סוכו[14] שפעל בשנות המאה ה-3 לפנה"ס, ושמה של הכת אינו רומז לצדוק הכהן אלא לצדוק תלמיד אנטיגנוס.