עם סיפוח צ'כוסלובקיה על ידי גרמניה הנאצית ב-1938 היה קאהן פסימי באשר לגורל היהודים במדינה, ובפרט לא חשב שתצמח תועלת ליהודים משיתוף פעולה עם הכובש הנאצי. עם זאת, החליט קאהן להישאר במדינה, מתוך מחשבה שיוכל לקדם את האינטרסים הציוניים בצורה טובה יותר בגולה. יחד עם אשתו אולגה (לבית פרידלר), היגר בסוף שנת 1938 מהעיר אוסטרובה לכיוון העיר פראג, בעוד את שני ילדיו, שושנה ורפאל, שלח ארצה במסגרת עליית הנוער. קאהן ואדלשטיין היו אנשי הקשר הרשמיים של המוסדות הציוניים, כמו גם של האס-דה (שרות הביטחון הנאצי) ומוסדות המדינה הצ'כוסלובקית.
קאהן לקח חלק חלק בקונגרס הציוני ה-21 שהתקיים בסוף אוגוסט 1939 בז'נבה. הוא סירב להצעת חבריו לקונגרס להעתיק את מקום מגוריו לשווייץ.
לאחר גירוש אדלשטיין לגטו טרזינשטט בדצמבר 1941 המשיכו קאהן ואשתו לעבוד שנה נוספת במשרד התרבות היהודית בפראג. בסוף ינואר 1943 נעצר קאהן יחד עם אשתו ופעילים ציונים נוספים והוגלה לגטו טרזינשטט. קאהן לא הביע רצון למלא תפקיד משמעותי במועצת הזקנים של הגטו, בין היתר משום שהוטלה עליה מלאכת הכנת רשימת הנידונים לגירוש באקציות. אף על פי כן, לקח על עצמו את תפקיד מנהל מערך ההרצאות במחלקת התרבות, תוך שימת דגש על עבודה עם נוער, ציונות ויהדות. מאמצים רבים שנעשו על ידי גורמים מחוץ לארץ להביא לשחרורו, העלו חרס. בחגיגת הרצל בגטו בשנת 1944 נשא ד"ר קאהן את נאומו האחרון, וסיימו במילים "עם ישראל חי".[2]
בתאריך 4 באוקטובר 1944 הוגלה קאהן יחד עם מרבית מנהיגי הגטו ומשפחותיהם למחנה ההשמדה אושוויץ בירקנאו, שם, בסמוך להגעתו, נרצח בתאי הגזים.
