בשנת 1945 כתב את שירו הראשון, "נאום כלב מת". שש שנים מאוחר יותר, הוציא לאור את ספרו הראשון, "משא דומה".
בשובו כתב לסירוגין סיפורים לילדים, שירים, פרקי יומן וכתבות. על יצירותיו לילדים, ובהן סיפורים מצוירים (קומיקס שפורסמו ב"הארץ שלנו"), חתם בשמות עט שונים, ובהם: דן אורן, ש. פנחס, יריב אמציה, ואחרים. מסיפורים אלה עוטרו על ידי מאיירים כדניאל פלנט ואדר דריאן. בד בבד עם כתיבתו לנוער וילדים הכה את העולם הספרותי הישראלי בתדהמה, כשכתב בגיל 27 ספר אוטוביוגרפי בשם "החיים כמשל"[1]. לדעת מבקרי הספרות באותה עת, היה זה גיל מוקדם מדי לכתיבת אוטוביוגרפיה. הספר היה חושפני ובו תיאורים של לבטי הנפש שלו וכן חוויותיו המיניות. כן היו בספר גילויים של כעין אמונה דתית מיסטית והשפעות רוחניות נרחבות.
מאז ועד פטירתו היה שדה ליוצר או להוגה שנוי במחלוקת. אהוב ומקובל על רבים, ומנגד מגודף על ידי אחרים. בשנת 1967 יצא ספרו "על מצבו של האדם" - רומן המתאר שבעה ימים בחייהם של אנשים צעירים ומיוסרים, שלא בא לו המשך המתאר את יתר ימי העלילה (שפרטים אודותיהם נרמזו בספר).
לשיא נוסף הגיעה המחלוקת על יצירתו עם פרסום הספר "התמסרות" (1973), שבו כינס כמה מכתבי אהבה מתוך אלפים שכתבה לו נערה בשם חבצלת חבשוש, ובהם העלתה על הכתב פרטים מיחסיהם האינטימיים (בשנת 1984 התאבדה חבשוש).
יחסיו עם הנשים בחייו היו מפותלים והרסנים. הוא תפס את האושר הזוגי כמסוכן ליצירתו - "אני פוחד שאם אתחתן אשקע מפסגת ההר של האמנות אל המישור השטוח של האזרחיות, אהיה שליו, קר, קטן - - -זה נורא מכל - - - ההיסוסים מענים אותי כמו מחלת ים. הזמן קצר, עלי להחליט, עלי לבחור בין הכל ולא-כלום, בין חיים ואבדון, אבל אינני יודע היכן החיים והיכן האבדון" (שם).
"החלטנו, וכנראה זוהי באמת הפעם הסופית - להיפרד. יעל אומרת שהיא לא תוכל לוותר על ילד, ואילו אצלי ילד לא בא בחשבון" (שם) .
בספטמבר 1956 החליט בכל זאת להינשא, אך כעבור כמה חודשים התגרשו. "נפרדתי ממנה כשנוכחתי שלא אהיה מסוגל להמשיך בכתיבתו של ספר מסוים זה במצב של אושר, אלא במצב של קושי כלשהו" (שם).
החל משנות ה-80 החל שדה לעסוק באיסוף ועריכת ספרי סיפורים אשר בעיקרם עסקו בדמויות בולטות מעולם החסידות, ובהם הבעל שם טוב, רבי נחמן מברסלב, ורבי מנחם מנדל מקוצק. סיפורים אלה והדמויות מאחוריהם היטיבו לבטא את החוויה הדתית אשר בה היה נתון שדה, כפי שהדבר בא לידי ביטוי גם בהערות ובפרשנויות אותן הוסיף לספרים האמורים. לצד ספרים אלה ערך שדה ספר נוסף בו ליקט סיפורי עם רבים מעדות שונות בישראל, וכן ספר נוסף הנקרא 'ענני' שבו ליקט תפילות יהודיות אשר נכתבו לאורך ההיסטוריה של עם ישראל. מספרים אלה ניכר כי בתקופת חייו האחרונה קיבל השראה מעולם התוכן של היהדות בכלל ומהחסידות בפרט. הדבר בא לידי ביטוי גם בראיונות שהעניק בסוף חייו בהם התבטא על התרחקותו מהחוויה הנוצרית אשר ליוותה אותו בתקופות מוקדמות יותר. בערוב ימיו ביקש מכמה חסידים להתפלל בעבורו על קברו של רבי נחמן מברסלב[דרוש מקור]. כמו כן הוא פנה לעצה וברכה אצל הרב אשר (רב אושר) פרוינד, מנהיג קהילת יד עזרה[2].
במקביל נשאר מזוהה עם הגותו הנושאת אופי עצמי - בין יהדות, אקזיסטנציאליזם ותורת נפש.
לימים מסר שדה את כל יצירתו להוצאת "שוקן", המטפחת עד היום את כתביו.
שדה ביטא תפיסה אינדיבידואליסטית, בה נמצא במרכז היחיד. היחיד לא כפוף לתפיסות מוסדיות כלשהן, ובונה את דרכו באופן אישי. בספר "על מצבו של האדם" מבוטא הניכור מהגישה הממסדית בנלעגות שבה מוצג פסק דינו של הגיבור - שגנב חפיסת שוקולד על מנת שתהיה לו מתנת יום הולדת - פסק דין בו הוא נשפט בחומרה למען הגנה על גופי השיווק הקמעונאיים.
"מעולם לא הרגשתי איזו שהיא זהות עם סביבה שחייתי בה. הייתה זו הנחה אלמנטרית תמיד שאני נמצא בחוץ, והאופי היסודי של חיי היה הייחוד. חוויות של תחושת ייחודיות, זורחת, מגובשת במיוחד, נושאת מתח פיוטי, אף הן היו ללא ספור"
"העובדה שאנו מרעים לאוהבינו ואילו מבחינה מסוימת מקיימים התבוננות לא עוינת בשונאינו - מקורה פשוט בכך, שחוש פנימי אומר לנו כי הראשונים גורמים לנו לאסון בעוד שהשפעת האחרונים חיובית, משחררת וממריצה, ואולי אפילו מטהרת"
— פנחס שדה-היומנים, בעריכת אילת נגב ויהודה קורן
תפיסתו האינדיבידואליסטית של פנחס שדה מקרבת אותו אל האקזיסטנציאליזם, בכך שהוא שם במרכז את היחיד ואת קיומו היומיומי, לפני המחויבות לעקרונות מופשטים או למסגרות.
חייו של האדם נתפשים כמתנהלים אל מול הגורל, אל מול האפשרויות שנפתחות בפניו להגשמה עצמית ובעיקר אל מול ה"אלוהים". האל מתואר בדרכים רבות לאורך שנות כתיבתו. אין אצל שדה התייחסות אל אלהים כמנהל של העולם וגומל שכר ועונש, אלא כ"בן שיח" של האדם, אשר למולו יכול האדם להבין את משמעות חייו. דמותו של האל כבן שיח נתמכת בתיאורי הפנייה של הסופר אליו לאורך ספריו, ובניסיונותיו לתאר אותו באופן מואנש (למשל האל אשר פורש מתפקידו ככזה ומתיישב בעיר גדולה בה הוא חי את חייו כאדם קשיש בדירה קטנה).
ספרו המרכזי של שדה, "החיים כמשל", סובב סביב נקודות אלה, כאשר מוסבר בו כי החיים הם המשל בעוד שהאלוהים הוא הנמשל. כלומר שעל האדם לחפש את מופע האל והמסר שהוא מעביר בכל אירוע שמתרחש לאדם בחייו. את המופע הזה הוא מחפש ומוצא בכל פרט במציאות, כולל באלה הנחשבים כנחותים ביותר. על פי התיאור ב"החיים כמשל": 'להגיע אל ירושלים של מעלה דרך תעלות הביבים'.
לכותב יש חשיבות רבה בהקשר זה, בכך שהוא יכול ומצווה 'להפוך את ענבי החיים ליין השירה'[דרושה הבהרה] ולקרב לכך את כלל האנשים. כלומר שלמשורר או לסופר יש מבחינת שדה יעוד, והוא אף דן בחומרה במקומות רבים כותבים אשר לא מקדישים לכך את כתיבתם.
יש הרואים בהגותו של שדה קווים של ניהיליזם 'דתי' או מטאפיזי - העיקר הוא היחס האישי של האדם אל מול העליונים. מסגרות-החיים הסטנדרטיות הן שוליות ביחס לזה.
