פרקי המבואות ההיסטוריים נחשבים עד היום למקורות חשובים להבנת המצב בארץ ישראל בתקופות הנידונות. יחד עם זאת, נשזרה בספר זיקה אידאולוגית חזקה לתנועת העבודה הסוציאליסטית על גלגוליה השונים; ומתאר לפי הסיפר הציוני מבית מדרשה של מפא"י את הדמויות בעלילה ההיסטורית של היישוב: הערבים, הבריטים, הרוויזיוניסטים, האזרחים והאיכרים.
בהקדמה לכרך הראשון הציג בן-ציון דינור את תפיסתו עולמו כהיסטוריון ציוני מחויב לאמת ההיסטורית; את התפעלותו כבן התקופה וכחוקר תולדותיה, ומאידך גיסא את מקומה כ"מבוא" בלבד לתקופת המדינה החדשה:[1]
ספר "תולדות ההגנה" בא לספר סיפור נאמן, מבוסס על תעודות מוסמכות ועדויות בדוקות, את כל "פרשת תולדותיה של התגוננות ישראל בארצו, של הגנתו על היאחזותו המחודשת בה, של היאבקותו על בנינה, על שיבת העם אליה" [כך], עד למלחמתו על חירותו ועצמאותו בה. פרשה זו שהיא אחת הנהדרות ביותר בדברי ימי ישראל מימי היותו לעם ואשר הביאה לגילוי עוז הקדומים שהיה גנוז בחביונה של האומה, שלובה ושזורה בהיאחזותו המחודשת של ישראל בארצו; הכרזת ישראל על עצמאותו ומלחמת מדינות ערב בישראל מסיימות פרשה זו, ומשמשות פתיחה ומבוא לפרשה חדשה בתולדות ישראל, לפרשת תולדותיה של מדינת ישראל.
אנשי תנועת החרות, ובראשם מנחם בגין מתחו ביקורת על הספר, בטענה שהוא כולל השמצות של ארגוני אצ"ל ולח"י.[2] כעבור שנים אחדות חזר בגין על ביקורתו, ובעקבות זאת הורה ראש הממשלה, לוי אשכול, להפסיק להוציא לאור את כרכי הספר החדשים בהוצאת "מערכות", ושלושת כרכיו האחרונים יצאו לאור בהוצאת "עם עובד".[3]
