מדינת מקדוניה הייתה ברוב המאה ה-20 חלק מהפדרציה היוגוסלבית, שהייתה מיוצגת על ידי נבחרת כדורגל מצליחה, אך בעקבות פירוק יוגוסלביה בתחילת שנות ה-90 הכריזה מקדוניה על עצמאותה, דבר שהוביל, בין השאר, להקמת נבחרת משלה. משחקה הראשון של נבחרת מקדוניה התקיים ב-13 באוקטובר1993 נגד סלובניה, במשחק שהסתיים בניצחון 4:1 לזכות מקדוניה.
הדירוג הנוכחי של נבחרת מקדוניה ברשימת הדירוג של פיפ"א, הוא המקום ה-67 בעולם, נכון ל-19 בדצמבר 2024; הניקוד הוא 1,368.96 – ללא שינוי לעומת ניקוד קודם.[2] דירוג השיא 46 נמדד לראשונה[3] באוקטובר 2008, והדירוג הנמוך ביותר 166 נמדד לראשונה[3] במרץ 2017.