הישיבה הוקמה בשנות ה-60 על ידי האדמו"ר רבי יקותיאל יהודה הלברשטאם, במסגרת הקמת קריית צאנז שכללה הקמת מוסדות חינוך, מלון גלי צאנז ובית החולים לניאדו. בשנים הראשונות כיהן האדמו"ר בראשות הישיבה, ולאחר מכן שימש בתפקיד הרב אליהו שמרלר.
תוכניות לימוד
הרב הלברשטאם חינך את תלמידיו ללימוד בבקיאות ולשליטה וידע מקיפים בש"ס, ולצורך כך הקים את מפעל הש"ס לאברכי הכוללים. בישיבה הנהיג הרב הלברשטאם מבחנים על מאות דפי גמרא, והבחורים הנבחנים זוכים לתואר כבוד. הנבחן על שלש מאות דפי גמרא עם תוספות זוכה לתואר "צורבא מרבנן" או בקצרה "צורבא",[1] הנבחן על חמש מאות דפים מקבל את התואר "החבר" (בשנים האחרונות הועלה הסכום לשש מאות דפים) והנבחן על אלף דפי גמרא זוכה לתואר "מורינו". שני התארים האחרונים "חבר" ו"מורינו" משמשים את הבחורים כשהם נקראים ל"עלייה" בקריאת התורה.
חלוקות התעודות והענקת התארים נקבעה על ידי המייסד לתאריך כ"ה בניסן, יארצייט של רבי חיים הלברשטאם מייסד חסידות צאנז שהישיבה נושאת את שמו. אחרי פטירתו הועבר טקס הענקת תעודות ה"מורינו" לט' בתמוז, יום היארצייט שלו, וחלוקת תעודות ה"חבר" נותרה בכ"ה בניסן.
סניפים וישיבות קטנות
הישיבה המרכזית מיועדת לגילאי 16-19, והיא מחולקת לשתי ישיבות, המרכזית בנתניה והשנייה בחיפה, הוקמה בשנת תשע"ד.[2] לבחורים המבוגרים יותר בגילאי ה"קיבוץ" הוקמה מסגרת מיוחדת בנתניה.[2]
