נולד בעיירה דולינה שבחבל גליציה לרבי יוסף יהודה, דיין בעיר[דרוש מקור], וליוכבד בבטשי. אביו היה חסיד זידיטשוב אך משפחתו הייתה מקורבת גם לאדמו"רי בעלז. בשנות מלחמת העולם הראשונה עבר למונקאץ, שם לימד אביו תורה וחסידות לצעירים, ואף הוא הצטרף לאביו בהוראה מגיל צעיר. בנו מספר כי אביו למד חברותא עם סבו מדי לילה במשך 6 שעות, בבית המדרש של חסידות בעלז בעיר[1]. בגיל 16 קיבל סמיכת "יורה יורה" מרבי חיים אלעזר שפירא ממונקאטש ובית דינו, ובגיל 19 קיבל סמיכת "ידין ידין". בנוסף קיבל סמיכה מהרב מאיר אריק, מהרב שמואל אנגל ומרבי שמעון גרינפלד. בימי בחרותו פרסם מדברי תורתו בכתבי עת תורניים, בהם "הבאר", "בית ועד לחכמים", "גפן פוריה", "לקט שושנה" ו"תל תלפיות". הוא התכתב עם כמה רבנים בולטים, בהם הרוגוטשובר. רוב מכתבים אלו אבדו בימי המלחמה. חלקם נדפסו בשו"ת מנחת יצחק.
נישא לאלטע רבקה לאה, בתו של הרב פנחס צימטבוים, ראש בית דין של גרוסוורדיין. עבר לעיר זו וצורף כדיין בבית הדין של חותנו. לימים הדפיס מדברי תורתו של חמיו בספרו מנחת יצחק חלק שני. בתקופה זו היה בין חסידיו של האדמו"ר רבי ישראל מויז'ניץ שהתגורר אז בגרוסוורדיין. הוא למד חברותא עם רבי יהודה הורוויץ מדז'יקוב במשך 6 שעות מדי יום.
את קורותיו בשנות השואה תיאר בחוברת "פרסומי ניסא" שנספחה לחלק הראשון של שו"ת מנחת יצחק. מאחר שלא היו לו תעודות נמלט מגרוסוורדיין והתחבא בקלויזנבורג בבית ידידו רבי יהודה הורוויץ. בהמשך הועסק בעבודת כפייה בהונגריה על ידי הנאצים, יחד עם בנו ישכר דוב (בעריש), שהיה אז בן 14. משהחלו האקציות וחותנו נשלח למחנה השמדה, התחבא בבונקר בעיר גרוסוורדיין ומשם ברח לבוקרשט ברומניה. רעייתו נפטרה שם בי' בכסלותש"ה. עם סיום המלחמה חזר לגרוסוודיין לנסות להציל את דברי תורתו ורכושו טרם שיעלה לארץ ישראל. בראותו את המצב של הקהילה, החליט להישאר ולשמש להם רב. הוא עסק בהיתר עגונות השואה וייסד שם ישיבה בשם "בית פנחס" על שם חמיו שנספה בשואה. בשנת תש"ו נישא בשנית למלכה בתו של רבי חיים דב מווסלוי.
אחרי שהקומוניסטים השתלטו על רומניה ראה שלא יוכל לעסוק במילוי תפקידו כרב, ובשנת תש"ח (1948), בעצת הרב מטשיבין, עבר לאנגליה. הוא מונה לאב בית דין במנצ'סטר והתחיל בהוצאת ספרי השו"ת שלו, "מנחת יצחק". בשנים אלו התפרסם כפוסק. פעל בתחום טהרת המשפחה והכשרות והקים את הכולל הראשון במנצ'סטר, "כולל הרבנים". בתקופה זו הסמיך רבנים רבים.
בשנת תשל"ב, אחרי פטירתו של הרב דוד יונגרייז, ראב"ד העדה החרדית, נקרא על ידי רבי יואל טייטלבוים לכהן בעדה החרדית. רבי יואל הכירו מצעירותו, לאחר שבתקופת שהותו במרגריטן היה הרב וייס מגיע אליו לדבר עמו בלימוד. קנאי העדה החרדית התנגדו למינוי בטענה שהרב וייס אינו מספיק קנאי. רבי יואל ענה להם ש”לקנאי אפשר ליהפך תוך 24 שעות, אבל לתלמיד חכם אי אפשר ליהפך בתוך 24 שעות...” ([1]). בי"ט בסיוון (23 ביוני1970) עלה לירושלים. בתחילה כיהן כסגנו של הראב"ד הרב דוד יונגרייז, ועם פטירתו בשנת תשל"ב כיהן כראב"ד תחתיו.
בשנות ה-90 נקרא על שם ספרו רחוב "מנחת יצחק" בשכונת גבעת קומונה בירושלים. בשנות ה-2000 נבנתה על שמו "קריית מנחת יצחק" בשכונת אחוזת ברכפלד במודיעין עילית. בבני ברק פתח הרב דוד הירש שלזינגר את ישיבת "מנחת יצחק" של חסידות דושינסקי.
ספריו
בביתו קיים מכון "מנחת יצחק" להוצאת ספריו בראשות גבאו הרב ישראל חיים דוידוביץ'.
שו"ת מנחת יצחק. עשרה כרכים יצאו בעריכתו, ולצדם כרך מפתחות. כרך נוסף נערך בידי תלמידו הרב מתתיהו דייטש.
קונטרס דברי חפץ - דרשות באירועים ומסיבות. נדפס בשו"ת מנחת יצחק חלק ג'.
