שמו המקורי של החודש כפי שהוא נקרא בפי חז"ל הוא מרחשוון (וכך הוא משמש בהלכות שונות, למשל: דיני גט - בו' אחת)[5], אך החל מהמאה ה-15[6] רבים נוהגים לקרוא לחודש בשם המקוצר, "חשוון". בכמה כתבי יד אשכנזיים מימי הביניים מופיעה הצורה "שוון".[7]
מקור השם מרחשוון הוא בצירוף המילים האכדי "וַרְחֻ-שַׁמְנֻ", שפירושו, וַרְחֻ = יֶרַח, חודש; שַׁמְנֻ = שמיני[2]. מכיוון שהאותיות ו' וּ-מ' הן עיצורים שפתיים, לעיתים קורה שהן מתחלפות זו בזו. וכך נוצרו שני חילופים ב"וורחשמן" שהפך ל"מרחשוון": האותו במלה הראשונה הוחלפה בשלב כלשהו באות מ, וה-מ' במלה השנייה הוחלפה באות ו'.[8] גם התלמוד מעיד ש"שמות חודשים עלו בידם מבבל".[9]
יש חוקרים המטילים ספק בהסבר זה, בין השאר על סמך העובדה כי אף לא אחד מן החודשים האחרים קרוי על שם מספרו הסידורי אלא על שם אלילים או תופעות עונתיות.[10] בעבר היו חוקרים, כמו אברהם אפשטיין, שקישרו בין השם לאל הפיניקי המוזכר בכתובת אשמן מארח.[11] בעילמית נקרא החודש מַרְכַּשַׁנַשׁ.
רש"י מפרש שם זה: "הוא מרחשון שהעשב בלה בשדה ובוללין לבהמה מן הבית"[15].
רד"ק מפרש "נקרא כן מפני הגשמים שמתחילין בו, עניין מבול". בילקוט שמעוני מובא מדרש המסביר את הורדת האות "מ" מהמילה מבול בכך שעם בניית בית המקדש פסקו גשמי הזעף שירדו עד אז[16].
