מבנה מכון היכל מנחם בירושלים שוכן ברחוב ישעיהו שבשכונת גאולה והוא בן קומה וחצי. הסניף הוקם בה'תש"ן (1990) בתרומת המיליונר החב"די יוסף יצחק גוטניק, ממייסדיו נמנה אליעזר ננס שהחנות בסניף קרויה על שמו. מנהלי המכון הם הרב יוסף יצחק הבלין והרב בנימין זילברשטרום. את חנות הספרים והספרייה מנהלים כיום משה משי זהב ואבינועם שטרן, את מערך שיעורי החסידות במקום מארגן הרב ישראל ליפסקר.
במכון שוכנת ספריית קריאה ולימוד וחנות ספרים גדולה המוכרת ספרי חב"ד ועוד ממגוון הוצאות ספרים. במכון מתקיימים שיעורים והרצאות בדרך קבע, כשבין המרצים נמנים הרבנים: נועם ישראל הרפז, חיים שלום דייטש, יקותיאל פרקש, עדין אבן ישראל ויחזקאל סופר.
בשנת ה'תשמ"ח (1988) הוקם בסניף ירושלים מכון הוצאת ספרים, ובשנת תשמ"ט הוציא המכון לראשונה את ספר התניא עם ציוני השיעור היומי בשולי הגיליון. עד כה יצאו לאור בידי המכון כ-50 ספרים, מהם סדרות בנות עשרות כרכים הנחשבים ספרי יסוד בחסידות חב"ד, כגון סדרת ה"אוצרות", סדרת "שערי המועדים", ועשרות ספרי סיפורי חסידים.
בני ברק
סניף היכל מנחם - בני ברק, הוא כולל ספרייה גדולה ומפוארת בת מספר קומות וכן חנות ספרים גדולה המוכרת ספרי חסידות. הספרייה הוקמה על ידי הרב אליהו וילהלם ומנהל המכון הוא הרב שמואל אנגלסמן.
סניף 'היכל מנחם - ביתר עילית' ממוקם בשכונת "גבעה A" בין הרחובות רוז'ין ובעל התניא, המרכז הוקם בה'תשע"א (2011)[1]. קיימת בו ספרייה וכן חנות הספרים המרכזית של חסידות חב"ד בעיר. מנהל המכון הוא הרב חיים גרינברג יו"ר מרכז חב"ד וממנהלי מוסדות חב"ד בביתר.
המכון מפעיל את פרויקט "טעמו וראו" המאפשר הורדה אלקטרונית וחינמית של חומר חב"די, סרטים והקלטות. במתחם מצוי גם אולם המכונה "אור וחום ההתקשרות", באגף זה שמונה מסכים לצפייה חופשית בדברי תורתו של הרבי מלובביץ'.
בורו פארק
מכון 'היכל מנחם - בורו פארק' נחשב המכון המרכזי ברובע ברוקלין בניו יורק להפצת ולחקר תורת החסידות. הוא ממוקם בשדרה 16 רחוב 52, וקיימת בו ספרייה וחנות ספרים גדולה. המרכז הוקם בה'תש"ן (1990), ראש המכון הוא הרב יעקב יהודה לייב אלטיין ומנהל המכון הוא הרב ישראל שטערן. המיליונר החב"די יוסף יצחק גוטניק נחשב ל"יו"ר כבוד" של המכון.
כן קיימת למכון הוצאת ספרים גדולה, הכוללת את "מכון אליעזר יצחק" המוציא את סדרת הספרים 'חסידות מבוארת' הנפוצה מאוד בחסידות חב"ד וכוללת כ-10 כרכים. ההוצאה מוציאה גם חוברות, עלונים ותשורות שונות. בעבר הוציאה את הקובץ התורני–מחקרי "היכל הבעש"ט" ואת העלון "באור החסידות". החל מחודש שבטה'תשפ"ב מוציא לאור את הירחון "שיח חסידים"[2].
מונסי
מכון היכל מנחם במונסי שבניו יורק, בו קיימת קהילה חרדית גדולה, הוא סניף גדול הכולל ספרייה חסידית וחנות ספרים מרכזית לתושבי האזור. המכון מפעיל גם בית מדרש בשם "נר ישראל", בבית המדרש מתקיים כולל לימוד מדי ערב המחלק מלגות ללומדים. בראש המכון ובית המדרש עומד הרב והסופרגדליה אוברלנדר. כמו שאר הסניפים, נחשב מכון היכל מנחם מונסי למרכז החסידותי המרכזי באזור של חסידות חב"ד.