היינריך השלושה עשר, דוכס בוואריה (בגרמנית: Heinrich XIII. von Bayern; 19 בנובמבר 1235 – 3 בפברואר 1290), היה דוכס בוואריה התחתונה בין השנים 1253–1290.
היינריך נולד ב-19 בנובמבר 1235, לאוטו השני, דוכס בוואריה ואגנס מפפאלץ, בתם של היינריך החמישי, רוזן הפלטינט שעל הריין ואגנס מהוהשטאופן.
בשנת 1253 מת אביו אוטו השני, דוכס בוואריה, והיינריך ואחיו לודוויג השני, דוכס בוואריה ירשו את נחלותיו. בשנת 1255 חולקה דוכסות בוואריה בין היינריך לאחיו: היינריך קיבל את בוואריה התחתונה, ואילו לודוויג קיבל את בוואריה העליונה ואת רוזנות הפלטינט שעל הריין.
מאחר שחלוקת הדוכסות הייתה בניגוד לחוק, היא עוררה את זעמם של הבישופים בבוואריה, ובעקבות כך הם שיתפו פעולה עם אוטוקאר השני, מלך בוהמיה שפלש באוגוסט 157 לבוואריה. שני האחים שיתפו פעולה ביניהם, והצליחו להדוף את הפלישה. בשנים הבאות נלחם היינריך נגד ארכיבישוף זלצבורג ונגד בישוף פזאו, ובסכסוך בין רודולף הראשון, מלך בוהמיה לאוטוקאר השני, מלך בוהמיה הוא החליף את נאמנותו כמה פעמים.
הינריך תיקן כמה תקנות למען שלום האזרחים, שקבעו שחובה להסתובב בלילה עם פנס, וכן שאסור להסתובב עם חרב או פגיון ברחבי העיר.
ב-3 בפברואר 1290 מת היינריך, ובניו אוטו השלישי, דוכס בוואריה, לודוויג השלישי, דוכס בוואריה ושטפן הראשון, דוכס בוואריה ירשו את נחלותיו. בשנת 1305 הוכתר בנו אוטו השלישי, דוכס בוואריה כמלך הונגריה.
בשנת 1250 התחתן היינריך עם אליזבת מהונגריה, דוכסית בוואריה, בתם של בלה הרביעי, מלך הונגריה ומריה לסקרינה, ממנה נולדו לו 10 ילדים: