היינריך החמישי, דוכס בוואריה (בגרמנית: Heinrich V. von Bayern; 960–1026), היה דוכס בוואריה בין השנים 1004–1009 ובין השנים 1017–1026, ובנוסף היה גם רוזן לוקסמבורג בין השנים 998–1026.
היינריך נולד בשנת 960, לזיגפריד, רוזן הארדנים ולהדוויג מנורדגאו, בתו של אברהארד הרביעי, רוזן נורדגאו.
בשנת 998 מת אביו זיגפריד מלוקסמבורג, והיינריך עלה לשלטון במקומו. בשנת 1004 נתן לו גיסו היינריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה את דוכסות בוואריה, אולם לאחר שמרד בו בשנת 1008 חזר ונטל אותה ממנו. בשנת 1017 לאחר השתדלותם של הריברט מקלן, ארכיבישוף קלן ופופו פון באבנברג, ארכיבישוף טריר, החזיר היינריך השני את בוואריה להיינריך.
בשנת 1026 מת היינריך ללא ילדים, ומשום כך ירשו אותו אחייניו היינריך מלוקסמבורג בלוקסמבורג, והיינריך השלישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה בבוואריה.