יליד הכוכב "גאליפריי" – כוכב שתרבותו היא העתיקה ביותר בעולם. אדוני הזמן הם דמויי אדם – אך בעלי שני לבבות. בנוסף, כאשר הם גוססים והולכים ל'מותם', יש להם מעין דרך "לרמות את המוות" (כך הדוקטור מכנה את זה) – ולשנות את מראהם החיצוני – תהליך הנקרא "התחדשות" ומאפשר להם להמשיך לחיות, אך בגוף אחר. פגיעה חזקה באדון זמן באמצע תהליך זה, תגרום בדרך כלל למותו. בעיקר מסיבה זו, גופו והרכב גופו של אדון זמן נחשב לקסום ותרבויות שלמות היו מוכנות לעשות הכל כדי לקבל תא מגופו, כפי שהדוקטור מנסח. ליבת הכוכב "גאליפריי" מאפשרת לכל אדון זמן להתחדש 13 פעמים בלבד – ולאחר מכן הוא מובא למשפט, ושם נקבע האם הוא ילך אל מותו הסופי, או יזכה להמשיך לחיות. לאדוני הזמן ניתנת פעם אחת בחייהם הזדמנות להביט אל ליבה של מערבולת הזמן – דבר אשר על כל אחד מהם יכול להשפיע באופן שונה. הטכנולוגיה הבולטת ביותר שפותחה על ידי אדוני הזמן, היא טכנולוגיית ההגדלה הפנימית (מעבר בין-ממדים) – כאשר גוף מסוים מכיל בתוכו יותר מרחב מאשר שהוא נראה מבחוץ.
הדוקטור, גיבור הסדרה, הוא אדון זמן ומופיע בכל הפרקים. המאסטר, אדון זמן אחר שהשתגע (ומופיע עוד בסדרה הישנה) והפך להיות נבל – הופיע בשלישיית הפרקים 11–13 בעונה 3 "אוטופיה", "קול התופים", "אחרון אדוני הזמן" וכן בשני הספיישלים "סוף הזמן" – שם הופיעו גם אדוני זמן אחרים מהכוכב גאליפריי.
מכונת זמן שמסוגלת לנוע בזמן ובמרחב באופן חופשי וללא הגבלה. נגנבה מגאליפריי בידי הדוקטור. ספינה בעלת כוח רב שמסוגלת לשאת משאות כבדים ולעוף אפילו כנגד חורים שחורים. הטארדיס היא ישות חיה כפי שמתגלה בעונה 6 פרק 4 – "אשת הדוקטור". בפרק לפני כן – "קללת הנקודה השחורה", מתגלה כי הטארדיס יכולה להיפצע ולהיפגע. הטארדיס יכולה לשמש גם כמכונת פרדוקס – מכונה שמסוגלת לקיים פרדוקסים בזמן (כגון פרדוקס הסבא).
הדאלקים הם יצורים מהונדסים גנטית מהכוכבסקארו. הם נוצרו על ידי המדען דאברוס, בעת שבני עמו, הקלאדים, היו במלחמה בת אלף שנים עם הגזע הדומיננטי השני שחי על הכוכב, הת'אלים. הדאלקים הם גזע אגרסיבי וחסר רחמים שדוגל באידאולוגיה המזכירה את זו של הגזע הארי; מבחינת הדאלקים, כל יצור שהוא לא דאלק נחשב נחות מהם צריך למות. הם האויבים הגדולים ביותר של הדוקטור, ועד עתה הם נתקלו בכל התגלמות שלו. שתי "זרועותיהם" הם אקדחלייזר וכלי כלשהו נוסף (לרוב אמצעי אחיזה בוואקום דמוי פומפה). יוצר הדאלקים, טרי ניישן, ציין שהוא אף ביסס את דמותם של הדאלקים על הנאצים, שאיימו על חייו כאשר היה ילד בזמן מלחמת העולם השנייה. הם הופיעו לראשונה בעלילה השנייה של הסדרה, "הדאלקים", ומאז הופיעו לא פחות מעשרים ושש פעמים כאויבים ראשיים, ועוד שלוש עשרה פעמים כאויבים "אורחים". באמצע שנות ה-60, הופקו שני עיבודים קולנועיים לשתי עלילות הדאלקים הראשונות בסדרה.
וורדים
הוורדים הם חייזרים מהכוכב מארינוס. בעבר הרחוק של הכוכב, אנשיו בנו מחשב על, בשם "התודעה של מארינוס", כדי שישמש שופט ובורר גדול וחכם. השנים עברו, והמחשב תוכנת מחדש כדי שיוכל לשלוט במוחות של כל יצורי הכוכב, וימנע מכל מתיישבי הכוכב לחשוב או לבצע דברים כנגד שאר המתיישבים. חמישה מפתחות השולטים במחשב פוזרו ברחבי הכוכב, והוורדים ניסו למצוא את כולם על מנת לעצור את המחשב ולהשיג את חשיבתם החופשית בחזרה. אך כאשר הם מצאו את הדרך לשחרר עצמם, הם גם גילו שבנוסף הם יוכלו לשלוט על המוחות של כל יושבי הכוכב כאשר הם ישיגו שליטה על המחשב. לבסוף, מנהיג הוורדים, יארטק, מצא את אחד מהמפתחות וניסה לפתוח איתו את התודעה, אך המפתח היה שגוי והמחשב התפוצץ, וכך כל המוחות על הכוכב השתחררו. הוורדים הופיעו בעלילה החמישית בעונה הראשונה, "המפתחות של מארינוס", וכמו כן גם במספר סיפורים במדיות אחרות.
מורפו
המורפו הם יצורים שנראים כמו מוחות חסרי גוף. הם שלטו על העיר מורפוטרון שעל כוכב מארינוס. לאחר שהמורפו כבשו את העיר, הם שעבדו את כל תושביה כדי שיעשו כרצונם. הם הופיעו בחלק 2 של "המפחות של מראינוס, "רשת הקטיפה", שם הם נהרגו על ידי מלוותו של הדוקטור, ברברה רייט, שגילתה את האמת על מה שהם עושים והרסה אותם.
סנסורייטים
הסנסורייטים היו גזע טלפתי מהכוכב ספרת-הסנס ("כוכב החישה"). הסנסורייטים נתפסו כגזע של יצורים פחדנים, שפחדו מבני האדם שהגיעו לכוכבם ואפילו מהחושך. הם הופיעו בעלילה השביעית בעונה הראשונה, "הסנסוריטים", שם חללית של בני אדם מהעתיד הרחוק התרסקה על הכוכב שלהם. שני הגזעים פחדו אחד מהשני, כי כל גזע חשב שהשני רוצה להרוג אותו. מאוחר יותר, החללית התפוצצה, בני האדם מתו והסנסורייטים החלו לסבול מקדחת חמורה. כאשר עוד חללית הגיעה לכוכב, בני האדם והסנסורייטים סבלו מאותה הבעיה, עד שהדוקטור ומלוויו הגיעו אל הכוכב והשכינו שלום בין שתי הקבוצות.
מפלצות מהעונה השנייה
אנשי הרובוט
אנשי הרובוט היו בני אדם מהמאה ה-22 שהדאלקים ניתחו והפכו ל'זומבים', כדי שישרתו אותם. פעמים רבות, אנשי הרובוט יכלו לצאת פתאום מהשפעת השליטה המוחית של הדאלקים, ולהשתגע או להתאבד. הדאלקים היו זקוקים לאנשי הרובוט בגלל שמספר הדאלקים על כדור הארץ היה מועט, והם היו צריכים עבדים שיעשו בשבילם את "העבודה השחורה" בזמן הפלישה שלהם לכוכב. הם הופיעו בעלילה השנייה של עונה 2, "פלישת הדאלקים לכדור הארץ".
אנימוס
האנימוס הוא אדיר זקן, יצור שקיים עוד מהיקום שקדם למפץ הגדול. כאשר אנימוס הצליח לחצות מהיקום שלו ליקום הזה, הוא נחת על הכוכב וורטיס. בוורטיס, אנימוס יכל לשלוט על כל יצור בכוכב, שהורכב בעיקר מיצורים דמויי-חרקים. היצורים בכוכב סגדו לו בתור אל. הוא הופיע בפרק החמישי בעונה השנייה, שם עבדיו, הזארבי, תפסו את הדוקטור ומלוויו וניסו להרוג אותם.
זארבי
הזארבי הם יצורים דמויי-נמלים ענקיות מהכוכב וורטיס. הם תקשרו אחד עם השני על ידי חיכוך הרגליים שלהם אחת בשנייה. כאשר אנימוס הגיע לכוכב וורטיס, הוא השתלט על הזארבי והפך אותם לעבדיו. הם ניסו לתקוף את הדוקטור ומלוויו, אבל נעצרו בידי המנופטרה, יצורים דמויי-פרפרים ענקיים, שעזרו לדוקטור ולמלוויו לעצור את אנימוס ואת כל משרתיו.
המאסטר
המאסטר היה חבר טוב לשעבר של הדוקטור בגאליפריי, ואדון זמן עריק. הוא היה חסר-מוסר, ונהנה להתערב בהיסטוריה באופן פעיל למטרותיו האנוכיות. איבד את שפיותו בזמן שהיה ילד כשראה את מערבולת הזמן.
מפלצות העונה השלישית
סייברמן
הסייברמן הם קיבורגים שנוצרו במקור על הכוכב מונדס. במקורם הם היו בני אדם שמוחם הוצא בגופם והוכנס לגוף של קיבורג על מנת שיוכלו לחיות לנצח. הסייברמן הופיעי עם כל התגלמויותיו של הדוקטור חוץ מהשלישי והתשיעי. בספיישל חג המולד של עונה 4 "הדוקטור הבא" בהם נחשף זן נוסף של הסייברמן, סייברשד (חתולים וכלבים שעברו את הטרנספורמציה לסייבר). בעונה החמישית הם מופיעים בפרק "הפנדוריקה נפתחת" כחלק מבוני הפנדוריקה. הם מופיעים גם בפרק ה-12 בעונה השישית. הם מופיעים שוב בעונה 7 פרק 12, שם, הם כמעט מצליחים להשתלט על מוחו של הדוקטור, אך בסוף הוא גובר עליהם ומשמיד את הכוכב על שלושת מיליוני הסייברמנים שעליו. אמנם, בסוף הפרק, רואים חלק סייברמני אחד שעדיין פועל- מה שרומז על כך שהם עוד ישובו ושבו בפרק ספיישל חג מולד: זמנו של הדוקטור.
הסדרה המחודשת (2005-2023)
הסדרה המחודשת של "דוקטור הו" שודרה החל משנת 2005, והיא כוללת גם מפלצות חדשות, וגם מפלצות שחודשו מהסדרה הישנה.
מפלצות העונה הראשונה
התודעה הנסטאנית / האוטון
התודעה הנסטאנית היא חייזר המסוגל לשלוט בפלסטיק. ככל שיש לה יותר כוח – כך טווח השליטה שלה יותר חזק. בעונה 1 פרק 1 "רוז" התודעה הנסטאנית יוצרת את האוטונים – בובות ראווה המסוגלות לרצוח בקלות באמצעות נשק מובנה בכף ידם. האוטונים הופיעו שוב בעונה 5 בצמד הפרקים 12-13 "הפנדוריקה נפתחת-המפץ הגדול 2".
הפנים של בו
יצור זקן, האחרון במינו, שחי למעלה מ-5 מיליארד שנים, לפי האגדה. זקנתו מאפשרת לו לחיות רק בתוך מתקן זכוכית, והוא מטופל בבית חולים של חתולי-אדם, ולאחר מכן בידי אחות אחת בלבד משם. הופיע בעונה 1 פרק 2 – "סוף העולם", שם היה אורח שצופה בסוף כדור הארץ. בפרק 1 עונה 2 "ארץ חדשה" הוא היה מטופל בבית החולים ובישר לדוקטור שיפגשו בעתיד, ובפרק השלישי של עונה 3 – "פקק תנועה", התגלה שהוא האחד שהציל את כל העיר ניו יורק העתידית מווירוס קטלני.
בעונה השלישית בפרק אחרון אדוני הזמן, מעלים רמז לכך שקפטן ג'ק הרקנס (אחד מהמלוים שכתוצאה מאירועי סוף העונה הראשונה נהיה בן אלמוות) הוא הפנים של בו.
ליידי קסנדרה
בת האדם האחרונה שנשארה בחיים עד לסוף כדור הארץ. מגופהּ נותר עור מתוח בלבד ומוח – בעקבות כל הניתוחים הפלסטיים שעברה. בפרק השני של העונה הראשונה – "סוף העולם", הדוקטור גורם לעורהּ להתייבש והיא מתפוצצת, אך התודעה שלה נשמרת וחוזרת להופיע בפרק הראשון של עונה 2 – "ארץ חדשה".
הגלת'
חייזרים גזיים מתוך הפרק השלישי של העונה הראשונה, "המתים הלא שקטים". הגלת' הם ניצולים ממלחמת הזמן, אשר מתחילים לרצוח בני אדם למטרות יצור נשק.
הסלית'ין
ילידי הכוכב רקסקוריקופלאפטוריוס (Raxacoricofallapatorius), שהיו המפלצת הראשית בכמה מפרקי העונה הראשונה. השם סלית'ין הוא שם משפחה ולא שם המין. בפרקים 4-5 "חייזרים בלונדון", "מלחמת העולם השלישית" תכננו להשמיד את כדור הארץ, ואת הדלק שיישאר למכור, אך הדוקטור הצליח להשמיד את כולם, מלבד אחת ששרדה וחזרה להופיע בפרק 11 – "עיר פיצוץ". בנוסף הם הופיעו בסדרת הבת לילדים "הרפתקאות שרה ג'יין".
יצורים ללא כל רגשות, ובעלי רצון להשמיד בלבד. הדמות נוצרה בהשראת הנאצים, שיוצר המפלצת ראה בהם את הרוע המוחלט. הופיעו בסדרה החדשה בעונה הראשונה בפרק 6 "דאלק" ובפרקי הסיום 12-13 "זאב רע", "התפצלות הדרכים". בעונה השנייה הם כיכבו בפרק הסיום "יום האבדון", ובעונה השלישית בצמד הפרקים 4-5 "דאלקים במנהטן", "אבולוציית הדאלקים". בעונה הרביעית חזרו בפרקי הסיום 12-13 "כדור הארץ הגנוב", "סוף המסע", שם היה נראה שקיומם תם. אך הדאלקים הופיעו גם בעונה החמישית בפרק השלישי – "ניצחון הדאלקים", ובנוסף בתפקיד אורח בסוף העונה השישית (פרק 13) – "החתונה של ריבר סונג", כאשר הדוקטור שואב מהם מידע. העונה השביעית נפתחה בפרק איתם הנקרא "מקלט הדאלקים". חזרו להופיע מפעם לפעם גם בעונות הבאות.
ג'אגראפס
חייזר בצורת חילזון ענקי, שחי בקור ושולט בהחלטות ומוחות של אנשים. הופיע בפרק השביעי של הסדרה החדשה – "המשחק הארוך".
פטרודקטילים
יצורים מעופפים ומאיימים אשר טורפים כל יצור חי בסביבתם כאשר מתקיים פרדוקס. דרך התגוננות מהם היא הסתתרות בתוך מבנה ישן, שיותר קשה להם לחדור אותו (או ביטול הפרדוקס, מה שיגרום להיעלמותם). היו המפלצת בפרק השמיני של העונה הראשונה – "יום האב", והופיעו בפרק האחרון של העונה השישית – "החתונה של ריבר סונג", כאשר הזמן עצר והעבר, העתיד והווה החלו להתקיים יחד.
ננוגנים
מכשירים מהמאה ה-51 אשר מסוגלים לתקן בעיות ב-DNA, ולהפוך אותו לכזה בריא. בעונה 1 בפרקים 9-10 "הילד הריק", "הדוקטור רוקד", הם נתקלו בילד גוסס עם מסכת אב"כ אשר מחפש את אימו, ומכך הבינו שזוהי התבנית שבה כל בן אדם צריך להיות.
קיסר הדאלקים
ניצול ממלחמת הזמן, שנראה בפרק האחרון של העונה הראשונה – "התפצלות הדרכים", שם התגלה שהצליח לפתח צבא שלם של דאלקים.
חשב את עצמו לאל של כל הדאלקים בעונה הראשונה בפרקים 12-13.
מפלצות העונה השלישית
הג'דון
מעין קרנפים דמויי אדם. עבודתם של יצורים אלו היא בארגון "הצהרת הצללים" – "משטרה להשכרה" של היקום. הם מדברים בכל שפה אפשרית (שפתם שלהם מורכבת מהברות בודדות בלבד). הם נחשבים ללוחמים קשוחים וחסרי כל רגישות, וכל משימה שיציבו להם הם יבצעו, בלי קשר לחיי יצורים שיילקחו או לכל פגיעה שהיא. הופיעו בפרק הראשון של עונה 3 – "סמית' וג'ונס", ובפרק ה-12 של עונה 4 – "כדור הארץ הגנוב".
הפלסמה
רוצחת שניזונה מדם, ומקבלת את התכונות החיצוניות והפנימיות (לא מופיעה בסדרה מראה עצמאי שלה) של בעליו – ובכך נמלטת מרשויות החוק של החלל. הופיעה בפרק הראשון של עונה 3 – "סמית' וג'ונס".
הקריונייט
זן מכשפות שפעילותו העיקרית היא באמצעות מילים. בעזרת מילים, המכשפות חודרות לאנשים ומשפיעות עליהם מרחוק. דגימת DNA מבן אדם יכולה לעזור להן ליצור בובתוודו שלו, והן יכולות לעשות בה כרצונן (וההשפעה על הבובה תחול גם על הבן אדם – הטבעת הבובה תגרום לטביעת הבן אדם וכדומה). המילים הן הנשק העיקרי שלהן, אך הן גם הדרך היחידה להפילן. [אמירת שמם פוגעת בהם] הקריונייט יכולות להיראות בשתי צורות: האחת כבן אדם רגיל לחלוטין, והשנייה כמכשפה (צורתן הטבעית). הופיעו בפרק "צופן שייקספיר" – מספר 2 בעונה השלישית.
המאקרה
טורפים שבמהלך השנים עברו תהליך מוטציה, וניזונים מגז מלוכלך, שליצורים אחרים יכול להיות רעיל. התפתחותם איטית, והם מבצעים אותה באמצעות גזילת חיים של יצורים אחרים. הופיעו בפרק 3 בעונה 3 – "פקק תנועה". המאקרה הופיעו לראשונה בעונה 4 של הסדרה הישנה.
עבדי חזיר
הכלאה בין בני אדם לחזירים, שבוצעה על ידי הדאלקים, והביאה ליצור גזע חדש של עבדים. לאחר הכלאה שכזו, היצור שורד רק שבועות בודדים, וברוב המקרים נמחקים ממנו כל רגשותיו. הופיעו בצמד הפרקים 4-5 "דאלקים במנהטן", "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
הדאלק האנושי
הכלאה בין האדם לבין הדאלק שבוצעה על דאלק סק ואדריכל "בניין אמפייר סטייט". המטרה הייתה לשלב בין החוכמה של הדאלקים לבין הצורה והרגשות של בני האדם, וליצור יצור עילאי – שבסופו של דבר נראה כבן אדם שעבר תהליך מוטציה. הופיעה בצמד הפרקים 4-5 "דאלקים במנהטן", "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
אדם הדאלק
איש שנראה כמו כל בן אדם רגיל, אך למעשה מוחו וכל תודעתו מרוקנים ממנו, ובמקומם נכנסת מחשבה דאלקית – רצחנית וחסרת רגשות. נרצחו על ידי הדאלקים. הופיעה בפרק 5 "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
פרופסור לזרוס
פרופסור זקן שבמהלך ניסוי שעשה להצערתו שהשתבש, עבר מוטציה והפך לחיה גדולה ונוראית שגוזלת את כל האנרגיה והנוזלים בגופו של בן אדם, בפרק זמן קצר. הופיע בפרק 6 בעונה 3 – "ניסוי לזרוס".
שמש הטוראג'י
ישות חיה המצויה בתוך השמש. השתמשו בה בעבר לצריכת דלק לחלליות, אך חוקק חוק כנגד זה. השמש מסוגלת לחדור למוחות של יצורים חיים, ולשרוף אותם במבטה. קיימת אפשרות, במידה והיא חודרת לגופך, להקפיא אותה החוצה, אך מעטים הם השורדים תהליך שכזה. הופיעה בפרק "42" – מספר 7 בעונה השלישית.
משפחת הדם
משפחה של יצורים גזיים וירוקים. הם מחדירים את עצמם אל תוך ישויות חיות, ובכך משיגים את זיכרונותיהם וחכמתם. מדברים אחד עם השני בקשר טלפתי. יכולים לחיות מספר שבועות בלבד, ובפעולותיהם הם מנסים לשנות את המצב הזה. הופיעו בצמד הפרקים 8-9 "טבע האדם", "משפחת הדם" בעונה 3. מנהיגי צבא של דחלילים שעבדים להם. הדוקטור חיסל ושיעבד את משפחת הדם בדרכים שונות.
המלאכים הבוכים
יצורים שאינם נראים באופן מובהק, המסתתרים בתוך פסלים – בדרך כלל דמויי מלאכים. הפסלים אמנם זזים, אך הם יכולים לעשות זאת רק כשאין יצור חי אחר שמביט בהם. תזוזתם היא כל כך מהירה, עד שאפילו מצמוץ יכול לסייע להם להיעלם. מסיבה זו, הם בדרך כלל מסתירים את עיניהם, על מנת שלא יסתכלו זה על זה ויתקעו במקומם לנצח. זן אחד של מלאכים – המתואר בעונה 3 בפרק 10 "מצמוץ" ובעונה 7 בפרק 5 "המלאכים לוקחים את מנהטן" – גורם למי שנוגע במלאך לחזרה בזמן, ומוות בטרם עת (הדבר יוצר אנרגיית זמן, שהיא מזונה של המלאכים, ופרדוקס מבטל אותה). זן אחר של מלאכים – המתואר בצמד הפרקים 4-5 בעונה 5 "זמן המלאכים", "בשר ואבן" מגיע אל הקורבן מאחורה, ושובר את מפרקתו. זן זה יכול לחדור אפילו אל תוך בן אדם, בעקבות מבט ממושך בעיניו – ולהשפיע על בריאותו הנפשית והפיזית. בנוסף, המלאכים האלו יכולים לנוע גם בתוך סרטי וידאוותמונות (במידה ואף אחד לא מסתכל עליהם). מלבד שני אלו, מתוארים מלאכים בוכים כהולוגרמה בפרק ה-11 של העונה השישית - "תסביך אלוהות".
הטוקלופיין / דור העתיד
שתי התפתחויותעתידניות של בני האדם. דור העתיד הם קבוצה של בני אדם שפיתחו תכונות ברבריות ומופיע בעונה 3 פרק 11 – "אוטופיה". הטוקלופיין הם רובוטים, שמכילים בתוכם מחשבהופרצופים של אנשים, אשר הובאו להווה משנת 100 טריליון ומופיעים בצמד הפרקים "קול התופים", "אחרון אדוני הזמן" – 12-13 בעונה 3.
מפלצות מהעונה הרביעית
וושטה נראדה
הוושטה נראדה חיים בתוך צללים וחושך. הם חיים ביערות וניזונים מבעלי חיים, אנשים וחייזרים למיניהם אשר נכנסים לתוך צל ואוכלים להם את הבשר. לפי ההסבר של הדוקטור לכל היצורים החיים יש פחד לא מוסבר מהחושך וזאת בגלל הוושטה נראדה, הם חיים בכל הכוכבי הלכת באוכלוסיות קטנות כך שלא שמים לב אילהם. בפרק הכפול בעונה "שקט בספרייה" ו"יער המתים", הדוקטור, דונה נובל, ריבר סונג, ומספר ארכאולוגים נתקעים בכוכב שכולו ספרייה בו ישנה אוכלוסייה גדולה של וושטה נראדה ולכן אסור להם לדרוך בתוך צל, אוכלוסיית הוושטה נראדה גדלה כל כך בספרייה כיוון שביתם של הוושטה נראדה היה ביערות מהם הפיקו את הספרים.
מפלצות העונה החמישית
אסיר אפס
חייזר דמוי צלופח ארוך חללי ומפחיד עם שיניים חדות וגדולות. הופיע בפרק הראשון, "שעת ה-11". הוא אסיר בשביל האטרקסים וככל הנראה האסיר הכי מסוכן. הוא יכול לקחת גוף מאנשים אחרים ואז להיראות ולהישמע כמוהם תוך כדי מות הגופה שממנה לקח. בהתחלת הפרק הדוקטור פותח את הסדק בקיר של איימי ורואה שם כלוב ועין ענקית ושומע קול: "אסיר אפס נמלט, אסיר אפס נמלט...". התחפושת העיקרית של אסיר אפס היא איש עם כלב, שהיה חולה בבית החולים בו עובד רורי ויליאמס, ארוסה של איימי פונד.
האטרקסים
האטרקסים הם עין ענקית עם חללית. כאשר הם מגיעים הם יכולים להיפרד מהחללית והעין מרחפת ויכולה להקרין הולוגרמות. אסיר אפס שהיה כלוא אצלם נמלט, והם נתנו אולטימטום להסגירו בתוך 20 דקות, אחרת ישמידו את כדור הארץ. הדוקטור קורא להם חזרה ושואל ארבע שאלות: 1. "האם הכוכב הזה מאיים על האטרקסים?" 2. "האם הכוכב הזה עבר על חוק אטרקסי?" 3. "האם הכוכב הזה מוגן?". שלוש השאלות האלו נענו בשלילה, והדוקטור המשיך לשאלה הרביעית "מה קרה להם [לקודמים שבאו לכדור הארץ]?" בתגובה הם מציגים הולוגרמות של כל הדוקטורים בסדר עולה עד הדוקטור הקודם לנוכחי, הדוקטור חוצה את ההולוגרמה ואומר "שלום. אני הדוקטור" מה שמוביל לבריחתם. הופיעו בפרק הראשון של העונה – "שעת ה-11".
החייכנים
יצורים מפלסטיק ורובוטים. הם נמצאים בכל מקום עם חיוך, יכולים לסובב את הראש לפרצוף כועס ב-180 מעלות וב-360 מעלות לפרצוף מבעית. מטרתם היא לסלק ילדים שלוויתן הכוכבים או בכינוי שלו "החיה שבתחתית" יאכל אותם. לעיתים נדירות החייכנים יוצאים מהמכל ומתקיפים ואם פוגעים בהם הם מתקנים את עצמם מהר מאוד. מי שנוסע במעלית לאחר שנתנו לו פרצוף עצוב מורידים אותו ל"מפלצת שבתחתית". הופיעו בפרק השני בעונה – "המפלצת בתחתית".
לוויתן הכוכבים
האחרון מזנו ונחמד כמו הדוקטור, המנוע של חללית בריטניה הופיע שם "כמו נס" אבל בעצם התנדב כי לא רצה לראות אימפריה מתפרקת. החייכנים מביאים לו ילדים בתור מזון אבל הוא לא מסכים לאכול אותם. הוא כלוא ועוברים עליו עינויים כדאי שימשיך להטיס את החללית. איימי מבינה שהוא התנדב בסוף הפרק וכולם ממשיכים בחייהם מלבד לוויתן הכוכבים שחופשי. הופיע בפרק השני בעונה – "המפלצת בתחתית".
דגים מהחלל
בעלי היכולות של הערפדים: מתים בשמש, לא משתקפים ומוצצים דם. לא ידוע למה הם מתים בשמש. הם לא משתקפים מפני שצורתם המקורית מפחידה יותר וגדולה יותר אבל יש ברשותם מכשיר שמתעתע במוחות בני אדם הגורם להם לחשוב שהם בני אדם, אבל הוא לא עובד דרך מראות והמוח לא יודע איך למלא את החסר ולכן הוא משאיר אותו ריק, ולכן הם לא משתקפים. בפרק היו רק שתיים שנולדו בתור חייזרים והשאר עברו שינוי גנטי. הם היו בוונציה במאה ה-16 מפני שבעולם שלהם היו סדקים, חלקם קטנים וחלקם גדולים כמו השמים, והם טענו ש"הדממה תשרור". הם התחבאו בתוך פנימייה פרטית לבנות, שמטרתה האמיתית הייתה לשנות את הבנות לדגים, כי רק הזכרים שלהם שרדו את המסע מכוכב הבית שלהם והם היו זקוקים לנקבות כדי להתרבות. כל מי שנכנס נכלא על מושב בחדר עם אור ירוק שגורם לשכוח זיכרון ונשיכה בצוואר של המנהלת ושותים להם את הדם. אחר כך זורקים אותם למים ועוד דגים מהחלל נותנים להם את הדם שלהם והופכים את הקורבן שלהם לחייזר. הופיעו בפרק השישי בעונה השישית "הערפדים של ונציה".
אקנודין / אדון החלומות
שני סוגי חייזרים המופיעים במעברים של הדוקטור, איימי ורורי בין המציאות והחלום - בפרק "בחירתה של איימי" - השביעי במספר בעונתה החמישית של הסדרה. האקנודין הוא טפיל לבני אדם זקנים בשנים, אשר שולט בהם ומסוגל לגרום לריסוס גז קטלני במיוחד מפיהם. אדון החלומות הוא דמות מסתורית שמתווכת בין המציאות לחלום, אך מסרבת לגלום איזה עולם אמיתי ואיזה לא קיים. אדון החלומות מגולם על ידי טובי ג'ונס ולא מופיע פעמים נוספות בסדרה.
הסילוראנים
לטאות משחר ההיסטוריה ששייכות למין מפותח ומתקדם, אשר נכנס לתרדמת חורף אינסופית. בעונה החמישית של הסדרה החדשה מין זה חוזר להופיע (הוא כיכב כבר בסדרה הישנה) בפרקים השמיני והתשיעי "כדור הארץ הרעב", "דם קר", בוא צופים בהתעוררות של בני המין, בעקבות פגיעה של בני האדם בהם. בידי אותן לטאות שבעבר שלטו בכדור הארץ - בני האדם נחשבים ללא יותר מקופים, ואירועים שמוצגים בפרקים אלו מביאים למצב שבו שני המינים לא יכולים להתקיים זה לצד זה (אף על פי שהדוקטור חוזה שבמאה ה-29 בערך זה אכן יקרה). סילוראנית נוספת ששרדה וממשיכה להופיע בתור מלווה של הדוקטור היא מאדאם ווסטרה (לראשונה בפרק "איש טוב יוצא למלחמה" בעונה 6 פרק 7, ולאחר מכן בפרקים 11 ו-13 בעונה השביעית: "אימת הארגמן" ו"השם של הדוקטור", וכן בספיישל הכריסמס של שנת 2012 - "אנשי השלג), אשר לוקחת לה לאישה את בת האדם ג'ני.
מפלצות העונה השישית
הדממה
הדממה הם מסדר דתי של מין מסוים של חייזרים, הוקם על מנת למנוע מאדוני הזמן לחזור (משום שדבר זה יגרום למלחמה גדולה), ולכן הם מאמינים שאסור שיענו על השאלה הראשונה ("Doctor Who?", בתרגום חופשי- "איזה דוקטור?") ומוכנים לעשות הכול בשביל שלא יענו על זה, כמו פיצוץ הטארדיס (עונה 5) שגרם לאויבים של הדוקטור להתאחד נגדו וללכוד אותו בפנדוריקה, ואף יצירת נש"ק קטלני (מלודי פונד) שעתיד להרוג את הדוקטור (עונה 6). הם מבצעים רציחות באמצעות שאיבת חשמל מהסביבה וחשמול הקורבן. התכונה המיוחדת להם היא שברגע שיצור חי מסיט את מבטו מהם, הוא שוכח את העובדה שראה אותם – דבר שלעיתים עלול לגרום לו לשיגעון. הדממה מופיעים כמוטיב חוזר בעונה 5 ונראו לראשונה בפרקי הפתיחה של עונה 6 – "האסטרונאוט הבלתי אפשרי", "יום הירח", והופיעו שנית בשני הפרקים האחרונים – "שעת הסגירה", "נישואיה של ריבר סונג". כמו כן, הדממה הופיעו במשחק של דוקטור הו שנקרא "Doctor Who - The Eternity Clock", שהיה בלעדי למכשירי Playstation 3 ו-PlayStation Vita.
הסירנה
מעין רוח רפאים בצבע טורקיז, אשר מופיעה כאשר יצור חי נפצע בגופו (הפציעה הכי קטנה יכולה לגרום לה להופיע) – ומשתמשת בהשתקפותם של היצורים להופעתה. היא מהפנטת אותם בשירתה וגורמת להם לגעת בה – מה שמעביר אותם ליקום אחר. כיוון שהסירנה זקוקה להשתקפות, היא נוהגת להופיע בעיקר בלב ים שקט (השתקפות היצורים במים). הופיעה בעונה 6 פרק 3 – "קללת הנקודה השחורה".
בסוף הפרק מתברר שהיא למעשה אחות אוטומטית של בית חולים עתידי, אך מכיוון שהרופאים מתו (מסיבה לא ידועה) היא מחזיקה את האנשים שלקחה בפגיעתם, אך בחיים (כדוגמת רורי, שטבע אך נשאר בחיים וברגע ששחררו אותו מהמכשירים הוא חזר לטביעה).
הבשר
הבשר הוא חומר ליצור כפילים שפיתחו בני האדם. הבשר מקבל חלק מתכונותיו של היצור אליו הוא מתחקה. הופיעה בשלושת הפרקים 5-7 בעונה השישית "הבשר הבוגד", "הכמעט אנושיים", "איש טוב יוצא למלחמה".
הנזירים חסרי הראש
כת נזירים המאמינה בחשיבותו של הלב בלבד, ולכן ראשיהם של בני האדם המצטרפים למנזר נערפים – והם מרוקנים מרגשות ומחשבות. הנזירים חסרי הראשמתקשרים זה עם זה באמצעות תפילות מיוחדות – ומשמשים כלוחמים של אסטרואיד "שדים רצים". הוזכרו בעונה החמישית פרק 4 בתור בעלי מוזאון עתיק ביותר. הופיעו בפרק "איש טוב יוצא למלחמה" – מספר 7 בעונה השישית.
הטסלקטה
רובוט דמוי אדם שמתופעל על ידי אנשים שמוקטנים לתוכו בידי קרן מזעור. הרובוט מסוגל ללבוש צורה של כל אדם שרשום במערכת – ובכך להיפגע במקומו, למות במקומו וכו'. הטסלקטה נועד להענשת פושעים. במידה ואנשי הטסלקטה רוצים להתחזות למישהו, הם בדרך כלל לובשים את צורתו, וממזערים את הבן אדם המקורי אל תוך הרובוט. הרובוט, מאובטח על ידי "הנוגדנים" – מפלצות רובוטיות מזעריות שמשמידות על ידי חשמול את כל מי שלא מאושר לו להיות במקום. פורעי חוק שאנשי הטסלקטה עוצרים נשאבים אל תוכו, ו"הנוגדנים" הורגים אותם. הטסלקטה הופיע בפרק השמיני של עונה 6 – "בואו נהרוג את היטלר", ובפרק ה-13 של אותה עונה – "נישואיה של ריבר סונג".
הבובות
בובות קטנות בתוך ארון בובות, שכאשר אנשים נשאבים אליו (באמצעות הקטנה), נראות ענקיות. נגיעה של הבובות בך, הופכת אותך לאחד משלהן, וכך הן מנסות לצוד את הקורבנות שלהן, תוך כדי ניגון השיר "Tick Tock". הופיעו בפרק התשיעי של עונה 6 – "סיוטי לילה".
הטנזה
הופיע בפרק התשיעי של עונה 6 - "סיוטי לילה". הטנזה מסגל את עצמו לסביבה והוא מעין "קן קוקייה", משנה את מראו ואת אישיותו בהתאם לסביבה כדי להיות רצוי.
רובוטי הידיים
רובוטי שירות בכוכב הבידור "אפאלאפאצ'יה" שנועדו לרווחת האנשים בו. אין להם עיניים והם יכולים לסרוק את השטח ולהעביר סם שינה דרך ידיהם בלבד. כאשר הוטל סגר על הכוכב בגלל מחלה שהתפשטה, הרובוטים החלו לחסן את כל המבקרים הזרים מפני המחלה – חיסונים שיכולים להזיק ליצורים בעלי לב אחד, כמו בני אנוש. הופיעו בפרק "הנערה שחיכתה" – העשירי בעונה השישית.
המינוטאור
טורף ענק-ממדים וזקן מאוד, שיוצר העתקים של מקומות מסוימים ומעביר לתוכם אנשים מכוכבים שונים. הוא ניזון מהאמונה והיראה של היצורים אותם הוא מעביר, ויוצר להם אשליות של כל הפחדים שלהם. כאשר מתמודדים מול הפחד הכי גדול מאמינים חזק באמונה כלשהי והוא רוצה לדעת מה האמונה שהוא עומד להיות ניזון ממנה ובכך היצורים שנתקעו במלון חושפים את סודם. תחת השפעת הפחד, הם מתחילים לסגוד לו ולהתנהג בשיכרון חושים, עד שהוא מגיע אליהם והורג אותם. המינוטאור אינו שולט במעשיו, וכל פעולותיו הן לא בהכרח רצוניות. הופיע בפרק "תסביך אלוהות" – ה-11 בעונה השישית.