גביע המדינה בכדורגל 1989/1990 הייתה התחרות ה-52 מאז היווסדה וה-37 לאחר קום מדינת ישראל. המשחקים החלו בספטמבר 1989 והסתיימו ב-4 ביוני 1990.
הפועל כפר סבא ניצחה במשחק הגמר ובכך זכתה בגביע השלישי שלה.
בשלב המוקדם השתתפו קבוצות של ליגה ג'. בסיבוב השמיני לתחרות הצטרפו קבוצות של ליגה לאומית.
שתי קבוצות מהליגה הבכירה הודחו כבר בסיבוב השמיני בידי קבוצות מהליגה השנייה
בית"ר תל אביב הודחה בידי הפועל תל אביב (ששיחקה באותה עונה בליגה השנייה) כאשר הפסידה לה 1-3 ובאותה תוצאה ניצחה מכבי יבנה את הפועל ירושלים
4 קבוצות עלו לשמינית הגמר ללא משחק:
מכבי יבנה, הפועל בת-ים והפועל לוד מהליגה הארצית והפועל ירוחם מליגה ג
הקבוצה שאירחה את המשחק הראשון במגרשה הביתי צוינה כראשונה בכל זוג.
הערה: