לפי המחקר ההיסטורי, המקדש נחנך בשנת 516 לפנה"ס בימי דריווש הראשון ועמד על תלו כ-586 שנים. לפי חז"ל המקדש עמד על תלו (כולל שנות בנייתו) 420 שנים.[2] הפער הגדול נובע מתארוך שונה של אורך שלטון הממלכה האחמנית על ממלכת פרס, הידוע בשם "השנים החסרות".
לאחר הכרזת כורש, בשנה הראשונה לכורש עלו לארץ ישראל שבי ציון, בראשותם של יהושע בן יהוצדק וזרובבל בן שאלתיאל.[3] הם הקימו בהר הבית את המזבח, והתחילו להקריב עליו קרבנות ביום הראשון לחודש השביעי (שלאחר מכן נקרא תשרי), כאשר המקדש עדיין לא היה בנוי.[4] בחודש השני (שלאחר מכן נקרא אייר) בשנה השנייה לעלייתם לארץ, הם החלו לבנות את הבית השני.[5]
לאחר מריבה בין העמים מסביב (מכונים "צרי יהודה ובנימין") לבין מנהיגי העם אודות שיתוף העמים אחרים בבניית המקדש, החלו העמים לנסות להפריע לבניית המקדש.[6] בשנה השנייה למלכות דריווש[7] הגיע חגי הנביא, והוכיח את העם על כך שאינם בונים את המקדש. העם נענו לתוכחתו של חגי, ובכד בכסלו, בשנה השנייה לדריווש החלו לבנות מחדש את בית המקדש.[8] בניית המקדש הסתיימה בשנה השישית לדריווש, בג' באדר.[1]
בשנת 167 לפני הספירה, לאחר מאבקים פנימיים בין היהודים, וניסיון מרידה בשלטון היווני, הטיל המלך אנטיוכוסגזרות על היהודים בארץ ישראל, ובמסגרתן גם חילל את המקדש. ביום ט"ו בכסלו, שליחי המלך הקימו פסל על המזבח, ובכ"ה בכסלו הם הקריבו לפניו קרבנות על במה שבנו ליד המזבח.[9] לאחר שלש שנים, במהלכן התחולל ביהודה מרד החשמונאים, הגיעו החשמונאים בראשות יהודה המכבי אל המקדש, טיהרו אותו, וחנכו אותו מחדש ביום כ"ה בכסלו שנת 164 לפנה"ס.
לעומת המקדש שנבנה בידי עולי בבל, שהיה פשוט יחסית, הורדוס שִכלל את המקדש, והפכו ליצירת פאר במטרה להאדיר את שמו ולמצוא חן בעיני נתיניו היהודים. שטח הר הבית הוכפל באמצעות חומר מילוי וההר הוקף בחומות אדירות ששימשו גם כקירות תמך, והיה למתחם המקודש הגדול בעולם. המקדש בוצר אף הוא והוקף בסטווים מפוארים, ותוכו רוּצף וחוּפה בשיש ובזהב. ההיכל נישא לגובה של כ-70 מטרים מעל רחבת הר הבית, שאף היא הייתה גבוהה בהרבה מהעיר התחתית. קיר ההיכל נבנה מאבני שיש ירוק ולבן, ויש שסוברים גם שיש כחול.[10] מובא שהורדוס אף ביקש לצפותו בזהב, אך חכמים מנעוהו משום שצורת המבנה הנוכחית (שורת אבנים יוצאת ושורת אבנים נכנסת) יצרה מראה של גלים.[11] בקצה המערבי של חומת הר-הבית הצפונית בנה הורדוס את מצודת אנטוניה, ובצלע הדרומי של ההר הקים את הסטיו המלכותי ששימש גם למטרות ציבוריות. מפעל הבנייה הכביר ושיפורו התקדם אף בימי ממשיכיו של הורדוס עשרות שנים אחר מותו, כמעט עד לחורבנו של הבית בידי טיטוס.
על בית המקדש ששופץ על ידי הורדוס אמרו חז"ל:
המחקר הארכאולוגי מצא ממצאים רבים התומכים בעדויות כתובות מהתקופה, בהם כתבי יוסף בן מתתיהו המתארים את מבנה המקדש. הורדוס הרחיב את חצר בית המקדש לכיוון דרום, ובנה בדרומו את הסטיו המלכותי - בזיליקה ששימשה לסנהדרין קטנה ולצורכי מסחר, בדומה לפורומים אחרים בעולם העתיק, אך זו שבנה הורדוס בירושלים הייתה גדולה ומפוארת יותר מכל מה שנבנה עד אז בעולם העתיק.
שיפוץ בית המקדש לא התבצע באופן של הרחבת הקיים או שימוש משני בחומרי בניין קיימים כפי שנעשה באתרים ארכאולוגיים רבים אחרים, ולכן לא הותיר עדויות רבות למקדשים שקדמו לו. במהלך פרויקט סינון עפר הר הבית, הצליחו מומחים וחוקרים להרכיב מהממצאים שפונו מהר הבית חלקים מרצפת הר הבית כפי שהייתה בזמן הורדוס. הרצפה, לפחות בחלקה, הורכבה מלוחות רבועים, בהם שובצו אבני פסיפס צבעוניות בשילובי צורות הנדסיות בסגנון אופוס סקטילה.
מטרות בית המקדש השני
מטרתם של העולים הייתה שיקום בית ה' החרב, מאחר שכל ההתרחשויות הנכבדות בחיי האומה היו קשורות במקדש ובעבודת האלוהים שבו: בחצרות המקדש היו חכמים ומורים שהורו דברי תורה והגות. בלשכת הגזית שבעזרת המקדש ישבה הסנהדרין. בבית המקדש רוכזה הספרות הלאומית, זו שנכללה בתנ"ך והספרים החיצוניים, וכותבי ספרים ומגיהים ריכזו את הספרות שיועדה ליהודי הארץ והתפוצות. בידי הלוויים טופחה שירת תהלים והמנוני דת שונים. הבאים לבית המקדש היו זובחים קרבנות, שומעים דברי תורה, או עולים אליו לדין או למשפט.
לצדיהן היו מוסדות המקדש ובתי מלאכה שעסקו בתחזוק המקדש. החצר החיצונית הייתה קרויה "עזרת נשים" מכיוון שסביב קירותיה היו בונים מרפסת ארעית בכל ערב סוכות, כדי שיוכלו הנשים לראות ממנה את שמחת בית השואבה המתקיימת בחג הסוכות.[12][13] (בבית ראשון,[14] בזמן שמחת בית השואבה, היו הנשים בהר הבית והגברים בחצר החיצונה, ובבית שני נוצר ממצב זה ערבוב ביניהם על כן בנו להם מרפסת בעזרת נשים.[13]) עזרת הנשים שימשה גם למעמד הקהל, בו המלך היה קורא בתורה לפני העם בכל מוצאי שנת שמיטה.
העם היה מביא למקדש קרבנות בוקר וערב, העבודה הייתה מלווה בשירת תהלים ובקריאה בתורה. את הקרבנות היו מקריבים הכהנים. אולם חובת עבודת המקדש הייתה בידי העם, ועל כן היה מחויב לכלכלו – על ידי תרומה שנתית בשם "מחצית השקל". אחד הביטויים הנכבדים ביותר לזיקת העם למקדש הייתה העלייה לרגל בעיקר בפסח, בסוכות ובשבועות.
בבית המקדש השני היו חסרים ארון הברית, צנצנת המן (לחם שמים שניתן לישראל במדבר), האורים והתומים ומטה אהרן, אבל היו בו המנורה וכלי פולחן נוספים.