בשנת 35 לפנה"ס בנה הורדוס את המצודה, על בסיס מצודה קיימת בשם "מצודת בריס" או "מצודת הבירה" שהייתה קיימת כנראה כבר מתקופת שיבת ציון. המצודה נבנתה בקצהו הצפון מערבי של הר הבית. למצודה היו קירות חיצוניים גבוהים, והיא דמתה כולה למגדל שבארבעת קצותיו ארבעה מגדלים. אולמות תת-קרקעיים חיברו את המצודה להר הבית. גובה המגדלים 50 אמה (כ-25 מטרים) פרט למגדל הדרום מזרחי שגובהו כשבעים אמה (כ-35 מטרים).[1] המצודה נקראה על שם פטרונו הפוליטי של הורדוס – מרקוס אנטוניוס. חשיבותה של המצודה במקום גבוה השולט על הר הבית מוצאת את ביטויה במילים של יוספוס פלביוס: ”בית המקדש שלט על העיר, מבצר אנטוניה שלט על בית המקדש ומי שהחזיק בעמדה זו שלט על שלושתם”.
יוספוס מתאר את המצודה במילים אלו:
בשטחה ובתוכנית בניינה דמתה המצודה מבית לארמון מלכים, כי נחלקה לחדרים רבים למיניהם, שונים במראיהם ובתכונתם, לאולמים ולבתי מרחץ ולחצרות רחבות ידיים למחנה הצבא, עד כי נמצא בה כל טוב חמדות העיר והדר בית מלכות.
המצודה שימשה את הרומאים להשגיח על אזור הר הבית, ושהה בה חיל מצב רומאי.
יש המזהים את המצודה כמקום בו נשפט ישו, ולפיכך כתחנה הראשונה בארבע עשרה תחנות הצלב שמהן מורכבת הוויה דולורוזה, היא "דרך הייסורים" שעבר ישו ממשפטו ועד לקבורתו. על פי אלו, "מרצפת האבנים" או ה"גובתא" המוזכרת בבשורה על-פי יוחנן בברית החדשה (”וַיְהִי כִּשְׁמֹעַ פִּילָטוֹס אֶת־הַדָּבָר הַזֶּה הוֹצִיא אֶת־יֵשׁוּעַ וַיֵּשֶׁב עַל־כִּסֵּא הַמִשְׁפָּט בַּמָּקוֹם הַנִּקְרָא רִצְפָה וּבִלְשׁוֹנָם גַּבְּתָא”)[2] היא מצודת אנטוניה.
בימי המרד הגדול, בשנת 66, כאשר ניסה הנציב העריץ גסיוס פלורוס להגיע להר הבית עם חייליו, על מנת לבזוז את אוצרות המקדש – אחד ממעשי המרד הראשונים היה הריסת האולמות התת-קרקעיים המובילים מן האנטוניה להר הבית. בהמשך הלחימה, התבצרו חיילים רומאים במצודת אנטוניה. המתקוממים, בהנהגת אלעזר בן חנניה, צרו על מצודת אנטוניה, והצליחו לבסוף לכובשה, לאחר שהרומאים שנמצאו בה נכנעו. לאחר שהניחו הרומאים את נשקם הם נרצחו על ידי המורדים, פרט למפקדם מטיליוס, שהתחייב להתגייר.
בשנת 70, בעת המצור על ירושלים, כבשו הרומאים את מצודת אנטוניה, ופרצו דרכה להר הבית. טיטוס ציווה להרוס את כל הבניינים במתחם הבירה, על מנת לפלס דרך רחבה להר הבית.
זיהוי
מצפון לפינה הצפונית מערבית של מבנה הר הבית נחשפו בעבר כמה שרידי בנייה מרשימים שזוהו בטעות בידי כמה חוקרים ונתקבלו במסורת הנוצרים כשייכים למבנה מצודת אנטוניה. עיקר השרידים נחשף בשנות ה-60 של המאה ה-19, בעת הקמת מנזר האחיות ציון שבו הם משולבים כיום. השריד הבולט ביותר הקשור למצודת אנטוניה הוא גוש סלע חצוב שמידותיו 45X120 מטר, המתנשא לגובה של כמה מטרים מעל לפינה הצפונית מערבית של מתחם הר הבית. על מצוקו הדרומי בנוי בית הספר אל-עומריה. מצפון לו, בשטח מנזר האחיות ציון מצויה בריכת הסטרותיון, שמתיאורו של יוספוס[3] ניתן להסיק שהייתה מצויה בחפיר מצפון למצודת אנטוניה. החוקרים מסכימים כי כמה שרידי בנייה מרשימים שבעבר שויכו בטעות למצודת אנטוניה שייכים לתקופת איליה קפיטולינה: ריצוף האבן המכונה ליתוסטרטוס, קמרונות הקירוי של בריכת הסטרותיון שהריצוף מונח עליהם, וקשת אקה הומו.