רוב מבצעי הטבח ההמוני של יהודים בבורות ירי נערכו עם הפלישה של הצבא הגרמני, הוורמאכט, למזרח אירופה במסגרת מבצע ברברוסה. מבצעי הרצח ההמוניים היו יישום של האידאולוגיה הנאצית ותורת הגזע בכללה. ולמעשה איפשרו גזל של רכוש רב מהיהודים המומתים, הן על ידי הנאצים והן על ידי שכניהם, התושבים המקומיים. מבצעי ההרג ההמוניים בוצעו על פי דפוס קבוע בדרך כלל. יחידות הוורמאכט היו נכנסות אל אזור כיבוש מוגדר ותופסות בו שליטה, ומיד אחר כך נכנסו יחידות האיינזצגרופן, האס אס ויחידות אחרות, שהופקדו על ביצוע המדיניות הנאצית בשטחים הכבושים.
זמן קצר לאחר הפלישה הנאצית, נקראה הקהילה היהודית וכל יהודי (על פי חוקי הגזע הנאציים) באשר הוא, בפקודת שלטונות הכיבוש, ולעיתים בעזרתם של השלטונות או בריונים מקומיים, להיאסף אל שדה בפאתי היישוב: כפר, עיירה או עיר, שבו הוחלט לבצע את ההרג ההמוני בתאריך שנקבע. על פי התוכנית, הנאספים הומתו בירייה, והגופות הרבות הושלכו ונטמנו במחפורת או בגיא טבעי, או בבורות ענק שנחפרו לצורך מבצע ההשמדה.
לקראת הגיעם של היהודים אל האתר בוצעו הכנות לביצוע הרצח ההמוני: הוכן הבור, והובאו חיילים, רובים ותחמושת. בחלק ממבצעי הירי ההמוניים אולצו היהודים לחפור את הבור, או להתפשט ממלבושיהם וממטלטליהם,[1] והחפצים הונחו בערמה בסמוך לאתר ההריגה. הנאצים ועוזריהם המקומיים היו יורים ביהודים, שהוצבו מעל הבור, ולאחר שנורו היו נופלים אל הבור, אשר הפך לקבר אחים. לאחר מכן היה הבור מכוסה בעפר על ידי פועלים מקומיים. היו בני אדם שנורו, נפצעו ודיממו עד מותם בבור לאחר שעות וימים, והיו בני אדם אחדים שלא נפגעו אנושות מהירי, או שהפילו את עצמם לבורות בטרם שנפגעו מן הירי, ולאחר שעות חילצו עצמם מתחת להררי הגופות.
לאחר חודשים אחדים בהם בוצעו רציחות המוניות של קהילות היהודים בבורות ירי, הנאצים הגיעו להכרה שהשיטה איננה יעילה דיה ומבזבזת תחמושת. גם החיילים הגרמנים התלוננו על העיסוק הבלתי-נוח. על כן, המשיכו הנאצים לחפש שיטות משוכללות ומהירות יותר להשמדה המונית מהירה. וכך, לאחר דיונים רבים הכניסו הנאצים לשימוש בסוף שנת 1941 שיטה חדשה של הרג בחללים סגורים באמצעות גז, שהלכה והשתכללה במשך הזמן. תחילה באמצעות משאיות או אוטובוסים בעלי תא מטען אטום אליו חובר צינור הפליטה של הרכב עד שכל הקרבנות שאולצו להיכנס אל תא המטען נחנקו למוות.
מסוף שנת 1941 שכללו המרצחים את השיטה במחנות השמדה דוגמת בלז'ץ בפולין, שם השתמשו בתאים קבועים, גדולים יותר המחוברים לצינור פליטה של מנוע טנק.
השלב המתקדם ביותר בשימוש בגז היה באושוויץ-בירקנאו שם השתמשו בגז ייעודי - ציקלון בי לצורך רצח ההמונים.
עם זאת, המשיכו הנאצים לעשות שימוש בשיטת הירי לבורות עד סיומה של המלחמה - למשל, בעיירה בוצ'אץ' (שחלק מיהודיה גורשו למחנה ההשמדה בלז'ץ) נורו למוות אחרוני היהודים בגטו על גבעת הפדור שבפרברי העיר. בבוצ'אץ' נחפרו הבורות בסמוך למקורות המים של העיר, ודם הקורבנות חלחל למי השתייה של העיירה. היהודים אולצו להוציא את גופות הנרצחים מן הבורות ולהעבירם למקום קבורה חלופי כדי להפסיק את זיהום המים.
גם יהודי העיירות יוזפוב ולומז'י שבאזור לובלין נורו למוות בבורות ירי, בחודש יולי 1942, בניגוד למרבית יהודי העיירות במחוז שנשלחו למחנות השמדה, וזאת בשל ריחוקם ממסילות ברזל.
