במסגרת המלחמה בגרענת, משנות העשרים בדיקות העיניים בבתי ספר נעשו על ידי "רופא נודד", שעבר מיישוב ליישוב, בדק תלמידים ודיווח על כך למועצה המדיצינית של הדסה. בהוראת הדסה, הוא אף נטל על עצמו את העבודה ההיגיינית-סניטרית ביישובים אלו. רופא עיניים נודד ראשון, שמלא תפקיד זה היה אריה פייגנבאום, ואחריו מלאו את התפקיד נחום שימקין, מרים נופך, אפרים סיני, חיים יסקי ואחרים.[3]. סיני נותח על ידי ד"ר טיכו בסוף שנות העשרים, לאחר שעבד כ- "רופא נודד" במושבות השפלה, היה חולה שלושה חודשים ונדבק באחת מעיניו בגרענת.
סיני עבד כרופא עיניים בבית החולים הדסה בתל אביב, ב-1930 התמנה למנהל המחלקה. בתקופת מלחמת השחרור (1948) מחלקת עיניים בבית החולים הדסה (תל אביב) הכילה 50-60 מיטות של פצועי עיניים חיילים ואזרחים, רובם נפצעו מפגיעות קליעים או רסיסים. חלק מהם ניתנים לשליפה באמצעות מגנט. המגנט היחיד שנמצא אז בארץ בבית החולים סנט ג'ון בבקעה נשדד בימי המלחמה. במחלקה בנו מגנט והוא לא נפל בטיבו מהמשובחים שבחוץ לארץ. עד היום הוא נמצא בשימוש בבית החולים איכילוב. בשנים האלו השתתפו בניתוחים במחלקה פרופ' ריכרד שטיין ופרופ' יצחק מיכלסון.[4] רופאים בכירים נוספים במחלקתו היו הד"ר יוליוס יעקובי, והד"ר סבינה ליבלינג.
יש לזכור כי רפואת העיניים של אזור המרכז פעלה עד שנות ה-60 במסגרת חמש מחלקות: בית חולם "הדסה" ברח' בלפור בתל אביב, בית החולים צהלון –דונולו, ביפו, בית חולים בילינסון, פתח תקווה, בית חולים אסף הרופא בצריפין ובית חולים תל השומר. עוד לפני הקמת בית הספר לרפואה, נפגשו ראשי מחלקות העיניים בפגישות בחוגי בית על מנת להחליף מידע וללמוד על מקרים חדשים. השתתפו אז במפגשים ד"ר אפרים סיני, מנהל המחלקה ב"הדסה" בלפור, ד"ר רודולף זק"ש, מנהל המחלקה של אסף הרופא, פרופ' ריכרד שטיין, מנהל המחלקה של תל השומר ופרופ' קורץ, מנהל המחלקה בבילינסון.[5]
סיני כיהן כיו"ר וועד הרופאים של בית החולים "הדסה"[6]
בשנת 1962 העביר את המחלקה לבית החולים איכילוב ושימש מנהלה עד פרישתו לגמלאות בשנת 1963. תלמידתו הד"ר סבינה ליבלינג קיבלה את ניהול המחלקה לאחר פרישתו לגמלאות.
