השתתף במכביה השנייה ב-1935 כחבר בנבחרת האתלטיקה של הכח וינה, ועם סיומה נשאר כחלוץ בארץ ישראל. המשיך להיות ספורטאי פעיל באתלטיקה קלה בארץ, השתתף בתחרויות אתלטיקה בארץ, ואף זכה במדליות בריצות למרחקים בינוניים.
דפני היה מראשוני קיבוץ עין גב שהוקם ב־1937 כנקודת יישוב יהודי בודדה ומנותקת בחופה המזרחי של הכנרת.
היה במשך כשנה מנהל חברת השייט על הכנרת, אשר קיימה את עיקר הקשר וההספקה בין עין גב לבין טבריה ולישובים היהודיים בחוף המערבי של הכנרת.
אחיו הצעיר ראובן דפני עלה ארצה שנה אחריו והיה ממקימי עין גב אף הוא.
אביו ואחיו הבכור רודולף נכלאו באפריל 1941 במחנה ביוגוסלביה שהיה באזור בו שלטו האיטלקים. הם שרדו ועלו לארץ ישראל ב-1944 והתיישבו בקיבוץ עין גב. אמו נספתה בשואה[1].
שליחות מודיעינית ומאסר בדמשק
ב-1941 חצה דפני שהיה המוכתר של עין גב בתעודות של הבריטים (עם עוד חבר קיבוץ) את הגבול לסוריה, בשליחות ההגנה והבריטים, כדי לתאם עם מוכתר הכפר השכן שיתוף פעולה לקראת הפלישה הבריטית לסוריה. בזמן המפגש עם המוכתר הערבי הייתה הלשנה לבולשת הצרפתית, והשניים נתפסו ונשפטו לחודש מאסר בכלא בדמשק. הם קיבלו תמיכה של המוכתר הערבי, ושל הקהילה היהודית, שאף העמידה לרשותם עו"ד מקומי, לאחר שבועיים שילמו קנס, הוחזרו לישראל ונאסרו בכלא בצפת עד שחרורם[2].
שליחות הצנחנים הארץ-ישראלים במלחמת העולם השנייה
אפרא התגייס לפלמ"ח ב־1941 ושירת בפלוגה א'. עם תחילת ההתארגנות למפעל השליחים-הצנחנים, הוא התנדב לשליחות משירותו בפלמ"ח.
הוא התנדב למשלחת צנחני הישוב היהודי בארץ ישראל. המתנדבים עברו מסלול הכשרה ארוך ומיונים שהתבצעו על ידי הבריטים, וכללו אימונים בארץ ישראל ובמצרים. לאחר כל שלבי המיונים המשלחת מנתה 37 צנחנים, ביניהם אחיו ראובן דפני. הוא תוכנן לצנוח ביוגוסלביה, לחבור לפרטיזנים היוגוסלבים של טיטו, וללוות את הצנחנים האחרים שהיו מתוכננים לחצות את הקווים למדינות היעד שלהם תחת הכיבוש הגרמני. עם זאת, בעת השהיה בבסיס המשלחת בבארי שבאיטליה דפני חלה ולא יכול היה לצנוח, ועל כן המשיך לפעול בבסיס המשלחת בבארי.
בהמשך השליחות באיטליה[3], אפרא התנדב כאזרח לצבא ארצות הברית, בשם הכיסוי George Carpenter, ליחידה בשם OSS – המשרד לשירותים אסטרטגיים, שהפך לאחר סיום המלחמה להיות ה-CIA, הייתה זו יחידת מודיעין לפעולות מיוחדות שביצעה פעולות קומנדו ומודיעין מאחורי קווי האויב.
דפני השתתף בפעולות רבות של היחידה בשטחים בשליטת הצבא הגרמני בצפון איטליה.
מפקד אזור עין גב במלחמת העצמאות
עם סיום השליחות באירופה, הוא מונה על ידי ההגנה להיות מפקד האזור (מא"ז) של עין גב. הוא הכין את היישוב למלחמת העצמאות, הפעיל מערך אימונים צבאיים של חברי וחברות המשק, פיקד על בניית מערך הגנה היקפי של היישוב ובו מספר שכבות הגנה, החליט על בניית בונקר גדול סמוך לחוף הים, ודאג לאספקת נשק ותחמושת ללוחמי הקיבוץ.
במלחמת העצמאות היה הקיבוץ יישוב יהודי יחידי בחוף המזרחי של הכנרת, והכפר הערבי אלסמרא ניתק את הקיבוץ מיישובי עמק הירדן. לקראת ההפוגה הראשונה ובמהלכה הותקפה עין גב. שורת התקפות על ידי הצבא הסורי, צבא ההצלה. וכוחות מקומיים מכפרי הסביבה, נהדפו.
הוא היה מפקד עין גב במלחמת העצמאות לכל אורכה, בפיקודו לוחמי הקיבוץ כבשו את הר סוסיתא עליו היו מוצבים של הצבא הסורי שהיוו איום מתמיד לתושבי הקיבוץ. משלט הסוסיתא שימש מאז כמאחז ביטחוני של מדינת ישראל עד לכיבוש רמת הגולן במלחמת ששת הימים.
מבט על עין גב מהר סוסיתא
פינוי הילדים מעין גב
מפקדת פיקוד הצפון פקדה על השארת הילדים והחברים הלא חיוניים במשק בזמן המלחמה, בטענה שזה יוביל לעמידה נחושה יותר של חברי המשק במלחמה. דפני כפר בכך ועל אף התנגדות של רבים מחברי המשק, הפר את הפקודה וארגן פינוי חשאי של הילדים והחברים הלא חיוניים, בתחילה לבתי מלון בטבריה ואחר כך לקיבוץ אלונים וגבת ולבסוף לחיפה, שם שהו עד תום המלחמה. על כך קיבל נזיפה מהפיקוד. בדיעבד, למרות הקושי של הניתוק מהילדים, התברר שדפני צדק, הפינוי דווקא הגביר את הרגשת הביטחון שסייעה לעמידה של הלוחמים והלוחמות בקרבות.[דרוש מקור]
הספר המצודה בקדמת הכנרת
ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון ביקר בעין גב אחרי המלחמה וביקש מחברי המשק לכתוב ספר על המערכה בעין גב. בית ההוצאה של צה"ל, "מערכות", הוציא לאור את הספר על עין גב במערכה, זהו ספר ייחודי בכך שהוקדש כולו לפרשת התגוננותה של נקודה אחת בלבד של עין גב, ואשר נכתב כולו על ידי חברי עין גב. דפני הוא שכתב את יומן המערכה, את ניתוח הקרבות ואת פרקי הסיכום.
המשך חייו
בעקבות הפילוג בקיבוץ המאוחד בתחילת שנות החמישים, עזב את עין גב, החליט להמשיך להגשים את גישתו החלוצית, והתיישב בעקבות ראשוני התושבים בבאר שבע.[דרושה הבהרה]
יצא לשליחות של כשנתיים באיראן, בתחילת שנות השישים בתקופת שלטונו של השאה, מטעם מפעל מכתשים מפעלים כימיים, להוביל שם הקמת מפעל כימיקלים דומה.
