זק"ש נולד בעיירה קיידאן, ליד קובנה שבליטא, ועל שמה נקרא לפעמים "קיידאנסקי". אביו, הרב צמח זק"ש היה רב העיירה וצאצא של השל"ה. בילדותו עברה המשפחה לעיירה זאגר ושם קיבל חינוך יהודי מקובל, תורה ובעיקר תלמוד. בצעירותו נחשף לספרות ההשכלה העברית, בין השאר לחיבוריהם של גינצבורג, ארטר ולטריס; זה האחרון השפיע עליו במיוחד בשירו "יונה הומיה", ועל שמו כינה את ספריו "היונה", "כנפי יונה", "קיקיון יונה" ו"בן יונה". בשאיפתו להיכנס לעולם ההשכלה החליט לנסוע לברודי, ותחילה הצליח לקבל את הסכמת משפחתו שייסע לווילנה, והוא נסע לשם ב-1836. אחר כך המשיך בנדודים, בעיירה וסילישוק (1836–1837), בדובנו (1838) ובברודי (1839–1840), שם פגש את ארטר ואת יה"ש והתיידד עמם. בנדודיו הרחיב את השכלתו ולמד שפות ומדעים, והתפרנס בדוחק מהוראה.
ב-1840 התפרסם מאמרו הראשון, מאמר שחיבר בעברית על מצב החינוך וההשכלה אצל יהודי האימפריה הרוסית; המאמר תורגם לגרמנית והודפס בכתב העת של יצחק מרדכי יוסטIsraelitische Annalen. אחר כך ניסה לשוב למשפחתו בליטא, אך נתפס במעבר הגבול ונכלא למספר חודשים. אחרי שהות קצרה בעיירות קרמניץ (שם פגש את ריב"ל) ודובנה בא שוב לווילנה והתיידד עם המשכילים במקום ובראשם אד"ם הכהן ובנו מיכ"ל. הוא שב לז'אגר לחצי שנה, שימש שם כמורה בבית ספר משכילי וכתב כמה שירים. ב-1842 הוזמן לראסיין לשמש כמורה פרטי, ושם התיידד מאוד עם אברהם מאפו, והשניים נשארו בקשר חזק בשנים הבאות. אחר כך חזר לז'אגר, ואחר שהות קצרה בקניגסברג הגיע ב-1844 לברלין.
זק"ש בא לברלין כשהוא בן 28 ושהה בה 12 שנים. הוא החל ללמוד באוניברסיטת ברלין; בין השאר למד פילוסופיה אצל שלינג ואף קיבל ממנו מכתב המלצה. הוא גם התקרב לאנשי חכמת ישראל בברלין, בהם צונץ ויחיאל זק"ש, והם השפיעו עליו לעסוק בחכמת ישראל ובספרות ימי הביניים. בברלין היה מצבו הכלכלי קשה מאוד, והוא התפרנס מעבודות דחוקות ומהוראה. כמה ממכתביו לידידיו כתב על דפי השער של ספריו ששלח להם, מאחר שלא היה לו כסף לקנות נייר מכתבים. תקופת ברלין הייתה התקופה הפורייה ביותר של זק"ש, ושם הוציא לאור את רוב חיבוריו, וגם ערך שני גיליונות של כתב העת "כרם חמד".
ב-1856 שכר אותו הברון יוסף גינצבורג כמורה לבנו והוא עבר לפריז. מאז ועד פטירתו ישב בביתו של הברון והתפרנס בכבוד. הוא היה ממונה על ספרייתו של הברון, החל לחבר עוד כמה מחקרים, ההדיר חיבורים קדומים ופרסם מאמרים בכתבי העת העבריים. ב-1887 הועברה ספריית הברון לסנקט פטרבורג, וזק"ש נשאר בפריז וקיבל פנסיה עד פטירתו ב-1892.
מחקריו של זק"ש עסקו בעיקר בפילוסופיה של ימי הביניים. במיוחד התמקד ביצירתו של שלמה אבן גבירול, אחרי שגילה שלמה מונק את זהותו עם Avicebron, מחבר החיבור הלטיני Fons Vitae. זק"ש הראה את ההשפעות של פילון האלכסנדרוני על רשב"ג ושל רשב"ג על ר' אברהם אבן עזרא, ואת סימני השקפתו של רשב"ג אצל שפינוזה ושופנהאואר. זק"ש גם היה מן הראשונים בתקופה המודרנית שחקרו מחקר רציני בתורת הקבלה, שעד תקופתו התייחסו אליה רוב המשכילים בזלזול. הוא הראה קשרים בין הקבלה והחסידות (בעיקר תורת חב"ד) לפילוסופיה של ימי הביניים מצד אחד ולהשקפותיהם של שלינג, הגל ורנ"ק מצד שני. בשנות הארבעים (של המאה ה-19) הציע לאנשי חכמת ישראל לפרסם אנציקלופדיה של מדעי היהדות, אך הצעתו לא יצאה לפועל.
תפיסת עולמו של זק"ש הייתה רומנטית, ומתוכה הגיע לחקר ההיסטוריה והספרות העברית. הוא פרסם את מחקריו בעברית ולא בגרמנית, והתנגד ליהדות הרפורמית. בתפיסה זו מצא שפה משותפת עם שד"ל, הגם שהיו חלוקים בעניין ראב"ע ושפינוזה ששד"ל הסתייג מהם. קשריו החמים של זק"ש עם המשכילים, הסופרים והמשוררים העבריים בליטא, ובמיוחד עם מאפו ועם מיכ"ל (עם האחרון נפגש הן בווילנה והן בברלין) הפכו אותו לחוליה מקשרת של השפעה הדדית בין עולם ההשכלה העברית במזרח אירופה ובין החוקרים בברלין ובפאריז, שכתבו בעיקר גרמנית. מלבד השפעתו של זק"ש על מאפו ומיכ"ל השפיע כנראה גם על קלמן שולמן, אליעזר צווייפל, ואפילו על יל"ג בצעירותו.
כתיבתו של זק"ש לא הייתה בנויה ומסודרת. הוא התקשה להתחיל בכתיבת חיבורים, ומשהתחיל - התקשה לסיים. יש לו נטייה להאריך בדברים מיותרים ולסטות מהעניין. משום כך אין מהווים ספריו נקודת ציון במחקר. גם כתבי העת שהחל להוציא יצאו פעם או פעמיים ופסקו. בין הספרים שפרסם:
התחייה, כתב עת לפילוסופיה דתית של ימי הביניים. יצאו שני גיליונות, ברלין תר"י [1850 ותרי"ז 1857. בסוף הכרך הראשון נדפס מכתב ההסכמה של שלינג
היונה, כתב עת, יצא גיליון אחד, ברלין תרי"א 1851, עם תוספת בשם כנפי יונה
קיקיון יונה, הודעה על חידוש "היונה" ובה כמה מאמרים, פריז 1860; פרוספקט נוסף על חידוש "היונה" בשם בן יונה, פריז 1861. בסופו של דבר לא התחדשה הוצאת "היונה".
ספר תגין, מדרש המיוחס לרבי עקיבא על תגי האותיות, עם מבוא על חיבור זה ועל "שימושא רבא" ו"ספר אותיות דר' עקיבא", פריז 1866
שירי השירים אשר לשלמה בן גבירול, שירי רשב"ג עם הערות, פריז 1868
ר' שלמה בן גבירול וקצת בני דורו, פריז 1868
חידות ר' שלמה בן גבירול ופתרוניהן, נדפס אחר פטירתו ב"אוצר הספרות" ד', 1892
כמה מכתביו נדפסו שוב, חלקם במהדורות צילום, במאה העשרים.
לקריאה נוספת
יוסף קלוזנר, היסטוריה של הספרות העברית החדשה, כרך ב, ירושלים תשי"ב, עמ' 128 - 147
