עוד לפני מלחמת העולם השנייה ואף אחריה, ידעה קונסטנץ התיישבות יהודית רציפה ופעילה.
ד"ר מוריץ בלוך מחשובי הקהילה ואדריכל מקומי תכנן את בית הכנסת הרפורמי שהוקם בשנת 1868 על יד בית החולים היהודי. בשנת 1931 הורחב בית הכנסת באופן משמעותי והעוגב בו הוחלף בחדש.
עם עליית השלטון הנאצי, סבלו יהודי המקום ככל יהודי גרמניה ונושלו זכויותיהם. בליל הבדולח, שרפו הגרמנים המקומיים את בית הכנסת הגדול (הרפורמי) על ספרי התורה והעוגב שבו. הכבאים לא הורשו לגשת לבית הכנסת והמתינו להחרבתו. מאוחר יותר פוצץ והושמד בידי משמר הס"ס (הוורפגונגשטרופה, SSVT). על מקומו עומד כיום בית הקהילה היהודית.[1] בשנת 1940 גורשו 108 מהם למחנה המעצר גירס בצרפת, ובשנת 1942 גורשו הנותרים למחנות הריכוז אושוויץ וסוביבור, רובם נרצחו בשואה.
להנצחת זכר היהודים הנרצחים בשואה מוצבת כיום במדרחוב המקומי אנדרטה משיש שחור, בצורת פירמידה, הנושאת את שמות הנספים בארבע שפות וביניהם עברית. האנדרטה צמודה לצידה האחורי של הכנסייה העירונית, מתוך מטרה להפגין אחדות דתות.[2]
בנו של ד"ר מוריץ בלוך, ששרד את השואה חזר לגור במקום בשנת 1968, והיה מפעילי התחדשות הקהילה היהודית במקום, בשיתוף פעולה עם העירייה. מאוחר יותר עלה ארצה.[3] כיום בקונסטנץ קיים בית כנסת פעיל בניהול הרב שלמה שיף, אחד מבני הנהלת בית-ההארחה היהודי החסידי במקום.[4]
כיום חיים בעיר קונסטנץ למעלה מ-300 יהודים. הקהילה היהודית Synagogengemeinde Konstanz מציעה שירותי דת שונים, בראשות ועד הקהילה. כרב הקהילה שימש הרב חיים נפתלין עד לפטירתו. כיום משמש בתפקיד הרב אביגדור שטרן.
בשנת 2015 קיבלה הקהילה היהודית שטח לבניית בית כנסת חדש ומרכז קהילתי עבור חברי הקהילה היהודית בעיר.