ב-1976 נבחר אקאקה לראשונה אל בית הנבחרים של ארצות הברית כנציג מחוז הקונגרס השני של הוואי, שבתחומו כל השטחים במדינת הוואי פרט למרכז עיר הבירה הונולולו[3]. הוא נבחר לבית הנבחרים שבע פעמים מחדש לתקופת כהונה בת שנתיים. באפריל 1990 מונה אקאקה לסנאט של ארצות הברית בידי מושל הוואי, ג'ון ואהי, כדי למלא את מקומו של הסנאטור ספארק מצאנגה אשר נפטר בעודו מכהן בתפקיד. בנובמבר אותה השנה ניצח בבחירות ביניים ונבחר למלא את ארבע שנות הכהונה שנותרו למאצונאגה, אחרי שגבר על חברת הקונגרס פאט סאיקי עם 53% מקולות הבוחרים.
ב-1994 נבחר מחדש לכהונה מלאה בת שש שנים עם למעלה מ-70% מהקולות. הוא נבחר באותה הקלות גם ב-2000. בבחירות אמצע הכהונה שהתקיימו ב-2006 נבחר אקאקה בפעם האחרונה לסנאט האמריקאי, אחרי שבבחירות המקדימות במפלגה הדמוקרטית ניצב מול אד קייס, מתמודד חזק שדומה היה כי איים על סיכוייו של אקאקה לזכות במועמדות מחדש[4]. בבחירות הכלליות גבר על יריבתו סינתיה ת'ילן, מועמדת המפלגה הרפובליקנית.
במהלך כהונתו בסנאט היה אקאקה יושב ראש הוועדה לענייני אינדיאנים ויו"ר הוועדה לענייני חיילים משוחררים[5]. ב-1996 נתן את חסותו לחקיקה שהובילה להענקת עשרות ממדליית הכבוד לחיילים אסייתים-אמריקאים מרגימנט הרגלים ה-442 ומגדוד חיל הרגלים ה-100 של צבא ארצות הברית[6]. הוא גם הצליח להעביר חקיקה שפיצתה את גששיםפיליפינים שסורבו לקבלת הטבות השמורות לחיילים משוחררים. משנת 2000 ועד פרישתו מהסנאט בראשית 2013, הריץ אקאקה שורת חקיקות בשם "הצעת חוק אקאקה", שפעלה למען מתן ריבונות עבור העמים הילדיים בהוואי[7]. ב-2005, הודה אקאקה בריאיון עיתונאי ל-NPR כי הצעת חוק זו עשויה להביא בסופו של דבר לעצמאות מדינית מוחלטת.
באפריל 2006 נמנה ברשימת "חמשת הסנאטורים הגרועים באמריקה" של מגזין טיים. המאמר מתח עליו ביקורת כמו שחקיקות משניות בראש מעייניו, והוא כונה "מאסטר בהחלטות מינוריות ובהצעת החוק שמתות בוועדה"[8]. בפברואר 2009 נכתבה הצעת חוק בבית הנבחרים של הפיליפינים בידי חבר הקונגרס הפילי פיני אנטוניו דיאז המבקשת להעניק לאקקאה אזרחות פיליפינים לשם כבוד, כמו גם לסנאטורים טד סטיבנס ודניאל אינווי ולחבר בית הנבחרים בוב פילנר, על תפקידם בהבטחת ההטבות לפיליפינים ששיתפו פעולה עם הצבא האמריקאי במלחמת העולם השנייה. ב-2 במרץ2011 הודיע אקאקה כי אין בכוונתו להתמודד לתקופת כהונה נוספת ב-2012. ב-12 בדצמבר 2012 נכח בפעם האחרונה במליאת הסנאט, וחתם את נאומו בפתגם בהוואית "hui hou" שמשמעותו — עד שניפגש שוב[9].
באפריל 2018 הלך אקאקה לעולמו כתוצאה מכשל מערכתי טבעי[10]. בחודשים שקדמו למותו הוא אושפז בהונולולו והוא הותיר אחריו את רעייתו, מרי מילדרד "מילי" צ'ונג וארבעה בנים[11].
