בשנת 1967 התגייס ג'ונס לחיל הנחתים. הוא עבר הכשרה כלוחם וקורס קציני חי"ר. לאחר מכן לחם ג'ונס כמפקד מחלקה ופלוגה במלחמת וייטנאם. בשנת 1985פיקד על הגדוד השלישי ברגימנט הנחתים ה-9 ולאחר מכן פיקד על יחידת הסיור ה-24 של הנחתים.[2] ב-1994 מונה למפקד דיוויזיית הנחתים השנייה לאחר מספר תפקיד פיקוד נוספים בחיל כיהן מיולי 1999 ועד ינואר2003, כמפקדו ה-32 של חיל הנחתים האמריקני. בשנים 2003 - 2006 שימש כמפקד פיקוד אירופה של ארצות הברית (COMUSEUCOM) וכמפקד הכח הצבאי של נאט"ו באירופה (SACEUR). ב-1 בפברואר2007, פרש מחיל הנחתים ומשירות לצמיתות, לאחר 40 שנות שירות.[3]
ב-2007, ג'ונס עמד בראש הוועדה העצמאית של הקונגרס לכוחות הביטחון העיראקים, אשר בחנה את יכולותיהם של המשטרה וכוחות הביטחון העיראקיים. בנובמבר 2007, הוא מונה לשליח מיוחד למזרח התיכון של מזכירת המדינהקונדוליזה רייס. לצד זאת הוא כיהן כיושב ראש "המועצה האטלנטית של ארצות הברית", צוות חשיבה המתרכז במדיניות החוץ האמריקאית והיה נשיא ארגון אנרגיה הקשור ללשכת המסחר האמריקאית, ארגון השתדלנות הגדול בעולם.
