לאחר שאייגיסתוס רצח את אטראוס, אגממנון ומנלאוס ברחו אל ספרטה, וגרו שם כמה שנים. אגממנון רצח את טנטלוס, בעלה של קליטמנסטרה בת טינדראוסמלך ספרטה, רוצץ את ראשו של בנם הקטן והכריח את קליטמנסטרה להינשא לו. מנישואיו אל קליטמנסטרה נולדו לאגממנון הבנות אלקטרה ואיפיגניה והבן אורסטס. אגממנון, בעזרת אחיו מנלאוס וטינדראוס חותנו, פינה את אייגיסתוס ותיאסטס מכס שלטונם ונעשה מלך מיקנה.
מלחמת טרויה
כשפאריס חטף את הלנה, אחותה של קליטמנסטרה ואשתו של מנלאוס, אגממנון איגד את כלל יוון מאחוריו כדי לנקום בטרויה. אגממנון היה לוחם גדול, אבל הגאווה והעקשנות שלו גרמו לאסונות רבים לעם היווני. כך, לדוגמה, במהלך ציד, הרג אגממנון אייל מקודש לאלת הציד ארטמיס ואמר בלעג שאפילו האלה עצמה לא הייתה יכולה להרוג אייל בצורה טובה יותר. בתגובה סילקה ארטמיס את הרוח, כדי שלא יוכל להפליג. אגממנון המבוהל היה מוכן להציע את בתו איפיגניה כדי לפצות את האלה. כך, ארטמיס העלתה את איפיגניה על המזבח.
בנשק נחושת נלחמו, ואגממנון המושל דולק וממית על סביביו ומפקד את צבא הארגאים כאש אוכלת שנפלה ביער לא-עלה בו כורת, וסער יסערה סביב אל כל העברים, ונפלו גזעי אילנות ענפים על שורשם בלהב העזוז,- ככה התגלגלו ראשי טרויים נמלטים על נפשם לפני האיש אגממנון, וסוסים ארוכי הצוואר רבים מרעימים ברכבם הריק על-שדה המלחמה, אין רכביהם התמימים, כי המה מתפלשים בעפר, יקר מראיהם בעיני הדיות מבעיני נשיהם
אגממנון הפליג לטרויה וצר עליה 10 שנים. שם גם ארעה המריבה הידועה בינו ובין אכילס, בקשר לשבויה כריסאיס, בתו של אחד מכוהני אפולו. כריסס, אביה של כריסאיס, בא לבקש את שחרורה מאת אגממנון שלקח אותה לעצמו, אך הלה סירב לשחררה ודחה אותו בדברים קשים. כתוצאה מסירוב זה הביא האל אפולו, שזעם על מעשהו, מגפה על מחנה היוונים. אכילס האשים את אגממנון במגפה ודרש ממנו להחזיר את השבויה. אגממנון החזיר את כריסאיס, אך לקח לעצמו את בריסאיס, שבויה שאכילס לקח לעצמו. אכילס, בתגובה, סירב להמשיך להשתתף במלחמה ויצא עם לוחמיו ממחנה היוונים. אגממנון ידע שללא אכילס היוונים יפסידו במלחמה, לכן פעל לפי עצתו של נסטור והבטיח לאכילס להחזיר לו את בריסאיס, האהובה עליו כל כך, לתת לו את אחת הבנות שלו לאישה, וכמו כן שלטון על הרבה ערים עשירות ביוון, אכילס דחה את ההצעה ולא שב להילחם עד מותו של פטרוקלוס.
מותו
כחלק מביזת העיר טרויה, לקח אגממנון את קסנדרה, בתו של פריאמוס מלך טרויה ואחותו של הקטור לשפחה. כשחזר הביתה העמידה אשתו, קליטמנסטרה, פנים שהיא מאושרת לראותו, והכינה לו אמבט חם. בשעה שיצא אגממנון מן האמבט זרקה אשתו, שמעולם לא סלחה לו על אובדן בתם איפיגניה, פיסת בגד על ראשו, ואז, היא ומאהבה אייגיסתוס, רצחו אותו, את קסנדרה ואת התאומים שהיא ילדה לאגממנון, פלופס וטלדאמוס. לאחר שבע שנים בנו ובתו, אלקטרה ואורסטס, נקמו את מותו והרגו את אימם ואת מאהבה אייגיסתוס.
המחזה מאת אייסכילוס
כנצר לשושלת טנטלוס, גם אגממנון זכה לטרגדיה משלו, הראשונה מבין שלוש טרגדיות האורסטיאה. לפי אייסכילוס, אגממנון היה מלך ארגוס ולא מיקנה, בסוף המחזה הוא נרצח על-ידי אשתו, קליטמנסטרה, בחלק השני "נושאות הנסכים", נוקם בנו אורסטס באימו, בחלק השלישי, "נוטות החסד", גורמות האריניות לאורסטס לאבד את שפיותו.
בסדרת ספרי המדע הבדיוני חולית, מאת פרנק הרברט, מוזכר "אגממנון" כאביהם הקדום של בני משפחת האצולה אטריאידס (השם אטריאידס נגזר מהשם אטראוס - אביו של אגממנון). בספרים מאוחרים של בנו בריאן הרברט מוזכר אגממנון בתור מנהיג הטיטנים בני כלאיים אדם ומכונה שמובסים על ידי המכונות החושבות.
בסרט טרויה, שיצא בשנת 2004, מופיע "אגממנון", כשאת דמותו משחק בריאן קוקס. בסרט הוא מוצג כשליט אכזר ותאב כוח, היוצא למלחמה רק על מנת להרחיב את גבולותיו תוך שימוש בתירוץ של חטיפת הלנה.
בעונתה השנייה של הסדרה בבילון 5 קפטן ג'ון שרידן הופך למפקד על תחנת החלל לאחר שפיקד על ספינת מלחמה בשם "אגממנון".
במחזה הבכיינים מאת חנוך לוין בבית חולים בכלכותה אשר מחליט לשעשע את שלושת החולים הגוססים השוכנים בו ולהציג בפניהם את הטרגדיה היוונית "ייסורי אגממנון ומותו" מאת אייסכילוס. הטרגדיה מתארת את חזרתו של אגממנון לאחר עשר שנים בהן שירת בחזית במלחמת טרויה יחד עם שבוית המלחמה שהפכה גם לאהובתו, קסנדרה בת מלך טרויה. קליטמנסטרה, אשתו של אגממנון זועמת על הנעשה ורוצחת את בעלה ומאהבתו. כך יוצר לוין הצגה בתוך הצגה במהלכה הגוססים צופים במתרחש על ה"במה", והקהל צופה הן במחזה והן בצופים הגוססים, ובכך מקשר בין גורלות הדמויות השונות,
בסדרת הטלוויזיה אוז מופיעה דמות בשם אגממנון בוסמאליס המכונה החפרפרת, בעקבות ניסיונות הבריחה באמצעות חפירת מנהרות.
במשחק המחשב Age Of Mythology ישנה אפשרות לשחק עם אגממנון בתור אחד הלוחמים.
במשחק dress to impress, הנמצא ברובלוקס, אגממנון מהווה חלק חשוב מסיפורה של לנה, האישה שמעצבת ציפורנים במשחק, ומשתמש בה באופן דומה לזה שהשתמש בביתו איפיגניה בסיפור המקורי.