Os seus antepasados eran xaponeses emigrantes a partir da segunda guerra mundial. O seu pai é xaponés (Leslie Shinoda) e a súa nai (Kim Shinoda) tamén posúe algo de sangue nativa americana. Criouse en Agoura Hills, unha vila ao noroeste da cidade dos Ánxeles, onde residiu durante toda a súa vida pre-adulta. O primeiro paso de Mike cara ao negocio da música foi durante os seus anos de secundaria, cando asistiu a un concerto onde se presentaban Anthrax e Public Enemy. Empezou a tomar leccións de piano cando era moi pequeno. Actualmente vive nos Ánxeles, e ten un proxecto alternativo a Linkin Park denominado Fort Minor.