Le régime militaire qui a pris le pouvoir en 1967 le propulse à la présidence le , jusqu'à un putsch qui le renverse en . Il est un des principaux opposants au régime de parti unique imposé par Mathieu Kérékou de 1974 à 1990.
Le , une tentative de coup d'État menée par un groupe de mercenaires dirigé par Bob Denard a lieu au Bénin. L'opération, dénommée « opération Crevette » et qui avait pour but de renverser le régime marxiste du Général Mathieu Kérékou, est un échec[2]. Plusieurs accusations sont lancées contre Émile Derlin Zinsou par le pouvoir en place au Bénin. Bob Denard affirmera dans ses mémoires que ce putsch avait pour objectif de restaurer Zinsou à la tête du pays[3]. Émile Derlin Zinsou a toujours nié toute participation à cette opération. Il n'a cependant émis aucun commentaires sur le livre de Bob Denard qui affirme qu'il était à bord de l'avion des mercenaires le attendant d'être proclamé président de la République en cas de succès de l'opération.
Dans le processus de démocratisation du pays, Zinsou est membre du Haut Conseil pour la République fondé le avec les anciens présidents Ahomadegbé, Congacou et Maga.
↑Présidence de la République du Bénin, Loi n° 1965-29 portant refonte des lois n° 60-26 du 21 juillet 1960 et n° 62-14 du 26 février 1962 créant l'ordre national du Dahomey, (lire en ligne)
(en) Mathurin C. Houngnikpo et Samuel Decalo, « Zinsou, Émile Derlin », in Historical Dictionary of Benin, The Scarecrow Press, Lanham, Toronto, Plymouth, 2013 (4e éd.), p. 373-374 (ISBN9780810871717)
