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Par son mariage, elle est devenue la belle-sœur d'Antoine de Bourbon (1518-1562), roi de Navarre. Le , à la mort de son père, elle est l'aînée de sa fratrie et hérite du comté de Roucy. Elle a alors quinze ans.
Le , à seize ans, Éléonore de Roye épouse au château de Plessis-de-Roye (Oise) que possède son père, Louis Ier de Bourbon, (1530-1569), qui portera plus tard le titre de prince de Condé[3]. Très rapidement après le mariage, Éléonore ressent les manifestations d'une première grossesse. Le à la Ferté-sous-Jouarre, elle met au monde son premier enfant, Henri Ier de Bourbon-Condé. Sept autres enfants naîtront de ce mariage :
Des huit enfants qu’Éléonore mettra au monde, cinq mourront pendant l'enfance. En 1560, durant les guerres de religion, Éléonore a déjà mis au monde quatre enfants, son mari est incarcéré par deux fois sur ordre de la famille de Guise. Éléonore et sa mère s'engagent dans des actions politiques importantes afin de soutenir son époux. Épouse fidèle, fervente partisane de la foi calviniste, et surtout mère dévouée, Éléonore ira même jusqu'à chercher du soutien auprès de la reine d'Angleterre, la protestante Élisabeth Ire (1533-1603).
Enfin, elle négociera par lettre et en personne avec la reine mère Catherine de Médicis (1519-1589), pour faire sortir son mari de prison. Ce à quoi elle parviendra en 1563, et qui amènera la paix d’Amboise, le . Installée au château de Condé, Éléonore y élève ses enfants.
À 29 ans, la jeune femme est mère de sept enfants et en attend un huitième. Quelque peu délaissée par son époux, Éléonore meurt en couches au château de Condé.
Portrait de Madeleine de Mailly (1512-1567) comtesse de Roye - mère d’Éléonore de Roye - par François Clouet, Ancienne collection de Catherine de Médicis, Chantilly, Musée Condé, Numéro d'inventaire : MN 240
↑Société historique et archéologique (Château-Thierry, Aisne), Annales de la Société historique et archéologique de Château-Thierry, Château-Thierry, (lire en ligne), p58
↑Christophe Marquez, « Une énigme historique résolue », L'auta, , p. 42 (lire en ligne)
Jules Delaborde, Éléonore de Roye, Princesse de Condé, 1535-1564, Librairie Sandoz et Fischbacher, 1876
Jane Couchman (éd.), Colette H. Winn (éd.) et François Rouget (coll), Autour d'Éléonore de Roye, princesse de Condé : étude du milieu protestant dans les années 1550-1565 à partir de documents authentiques nouvellement édités, Paris, Champion, , 289 p. (ISBN978-2-7453-2355-2 et 2745323555, OCLC823869015)