La période ottomane proprement dite s'étend de 1517 à 1798.
Dès 1485, les Ottomans entrent en guerre contre les Mamelouks. En 1516, la Syrie est envahie par Sélim Ier. En 1517, celui-ci s’empare du Caire en vainquant le sultan Tûmân Bey. Les Ottomans maintiennent des chefs mamelouks à des positions clés en leur donnant le titre de beys. Après la conquête et le départ de Sélim (), Khaïr Beg, un Mamelouk rallié, est nommé gouverneur ottoman pour percevoir le tribut et administrer le pays. Les begs (ou beys) mamelouks restent la classe dirigeante du pays tout en versant un tribut à Constantinople. Les beys (seigneurs) et les cachefs (administrateurs provinciaux) sont en effet recrutés parmi les Mamelouks qui acquièrent peu à peu un pouvoir politique réel.
Intermède français et reconquête ottomane (1798-1806)
En 1798, Napoléon Bonaparte écrase les Mamelouks lors de la campagne d'Égypte. Il tente d'établir une administration moderne mais échoue au siège de Saint-Jean-d'Acre (1799) puis, devant rentrer en France républicaine pour y prendre le pouvoir, laisse le général Kléber pour gouverner le pays. Ce dernier est assassiné en 1800. En 1801, l'Égypte est reconquise par une armée anglo-ottomane.
En 1806, Méhémet Ali, militaire d'origine albanaise, est nommé gouverneur d'Égypte par les Ottomans. Apprenant que les Mamelouks cherchent à l'assassiner, il fait massacrer leurs chefs le , dans une embuscade, et pourchasse le reste des troupes. C'est la fin des Mamelouks d'Égypte. Le sultan ottoman Sélim III reconnaît l'autorité de Méhémet Ali comme Pacha d'Égypte sous la pression des autorités religieuses du Caire. Celui-ci appuie sa politique sur la société égyptienne contre les Mamelouks et les Ottomans, consolide son pouvoir et établit une dynastie de fait.
Le khédivat alaouite et la conquête britannique (1867-1914)
Sous le règne d'Ismaïl Pacha (1863-1879), lors de la réforme administrative de 1867 qui transforme les pachaliks (ou eyalets) en vilayets, Ismaïl obtient le statut spécial de khédive (vice-roi héréditaire) qui consacre sa semi-indépendance de fait. Cependant, le khédivat d'Égypte, lourdement endetté par ses efforts de modernisation et par la construction du canal de Suez (ouvert en 1869), tombe sous la dépendance des capitalistes français et britanniques.
La révolte d'Ahmed Urabi, militaire d'inspiration nationaliste, provoque l'occupation de l'Égypte par l'Empire britannique en 1882. Elle reste sous la suzeraineté nominale de l'Empire ottoman.
E. Combe, « L’Égypte ottomane de la conquête par Selim (1517) à l’arrivée de Bonaparte (1798) », Extrait du Précis de l’histoire d’Égypte, t. 3, première partie, IFAO, Le Caire, 1933.
Henri Deherain, « L'Égypte turque. Pachas et mamelouks du XVIe au XVIIIe siècle », dans G. Hanotaux, Histoire de la nation égyptienne, Paris, Plon, 1934, t. V.
Michel Tuchscherer, « Café et cafés dans l'Égypte ottomane, XVIIe et XVIIIe siècles », dans Contributions au thème du et des cafés, ed. Desmet-Grégoire.
Alain Blondy, Bibliographie du monde méditerranéen. Relations et échanges (1453-1835), Paris, Presses de l’université de Paris-Sorbonne, 2003, 301 p. (ISBN2-84050-272-0)
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