Ce site vit divers ordres monastiques et institutions religieuses et une fondation bénédictine fut instituée en 1257, dite Santa Maria Maddalena delle Convertite, pour accueillir les personnes repenties ou converties, ce qui donna le nom au quartier Borgo Pinti.
En 1322, la structure passa sous le contrôle des Cisterciens de Badia a Settimo, frazione de Scandicci, puis prit son autonomie en 1442, sur la sollicitation du pape Eugène IV, qui transféra le Convertite à l'église San Donato in Polverosa de Florence.
Le couvent fut reconstruit en face de l'église entre 1481 et 1526 par le financement de Bartolomeo Scala (en même temps que celui de son propre palais) sur les plans de Giuliano da Sangallo, qui choisit le style innovant du quadriportico en style ionique.
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