L'histoire de Zortéa commence dans les années 1930, avec l'installation de plusieurs familles de fermiers venus de Campos Novos. Descendants de paulistes, ces familles furent les premières à résider dans la région, qui ne comptait que quelques caboclos habitant les rives du rio Pelotas, à la frontière du Rio Grande do Sul.
Elles déboisèrent des zones de forêts de pin pour créer leurs exploitations agricoles. En 1939, une petite scierie est construite.
En 1946, Antonio Zortéa Primo et Guilherme Brancher acquièrent la scierie pour fonder une entreprise qui deviendra "Zortéa Brancher Indústria e Comércio Ltda". Cette entreprise, attirant les travailleurs de la région, entraina la création d'un secteur industriel dans une zone d'exploitation forestière et d'élevage bovin. Elle donnera également son nom a la future municipalité.
En 1980, Zortéa devient un district de Campos Novos. Dans les années 1990, un mouvement pour l'indépendance de Zortéa se développe, qui aboutit, le , à la création de la municipalité de Zortéa.
