Virus de l'immunodéficience simienne

Lentivirus simimdef

Virus de l'immunodéficience
simienne

Légende

Classification

Groupe	Groupe VI
Famille	Retroviridae
Genre	Lentivirus

Espèce

Lentivirus simimdef
ICTV, 1991^[1]

Le virus d'immunodéficience simienne (VIS, SIV en anglais, pour Simian Immunodeficiency Virus), dont le nom scientifique est Lentivirus simimdef, est un rétrovirus ayant de nombreuses souches et touchant exclusivement une quarantaine d'espèces de primates non humains. Ce virus est responsable du syndrome d'immunodéficience acquise du singe (SIDAS). On pensait que les souches naturellement présentes chez une espèce n'entraînaient aucune maladie chez cette dernière, jusqu'à la découverte de symptômes du sida en phase terminale chez le chimpanzé Pan troglodytes schweinfurth^{[2] [Passage contradictoire]} .

Arbre phylogénétique

L'arbre phylogénétique du VIH est en 2019, le suivant :

	VIScpzPts, Pan troglodytes schweinfurthii, chimpanzé d’Afrique de l’Est, nucl. : 25 %. aa. : 59% (EF394356 Tanzanie 2000)[3] VISgor Gorilla gorilla gorilla, Gorille des plaines de l'Ouest VIH-1 type O, nucl. : 41 %. aa. : 68% (JX245015 Gabon 2011) [4] VIH-1 type P, nucl. : 34 %. aa. : 68% (GU111555 France 2009) [5] VIScpzPtt, Pan troglodytes troglodytes, chimpanzé de l’ouest de l’Afrique centrale VIH-1 type N, nucl. : 51 %. aa. : 78% (KY498771 Cameroun 2015)[6] VIH-1 type M, nucl. : 76%. aa. : 71% (HIVU76035 RDC 1976) [7] VIH-1 M ss-type A, nucl. : 81 %. aa. : 83% (KX389622 Nigeria 2009) [8] VIH-1 M ss-type A, (DRC60 Léopoldville 1960) [9] VIH-1 M ss-type B, nucl. : 84 % (KY778422 USA 2013) [10] VIH-1 M ss-type C, nucl. : 93 %. aa. : 87% (HIVU46016 Ethiopie 1986) [11] VIH-1 M ss-type C, nucl. : 100 %. aa. : 100% (MW262773 USA 2019) [12] VIH-1 M ss-type D, nucl. : 76 % (MF109713 UK 2013) [13] VIH-1 M ss-type D, (ZR59 Léopoldville 1959) [9] VIH-1 M ss-type F, nucl. : 82 %. aa. : 84% (MT417762 Belgique 2019) [14] VIH-1 M ss-type G, nucl. : 85 %. aa. : 83% (MK254637 China 2016) [15] VIH-1 M ss-type H, nucl. : 84 %. aa. : 85% (KU168273 RDC 2004) [16] VIH-1 M ss-type J, nucl. : 82 %. aa. : 83% (GU237072 Cameroun 2004) [17] VIH-1 M ss-type K, nucl. : 82 % (AJ249235 RDC 1997) [18] VIH-1 M ss-type L, nucl. : 82 % (MN271384 RDC 2001) [19] VIH-1 M ss-type U, nucl. : 83 % (MN736708 Slovénie 2016) [20]
	VISsmm Cercocebus atys atys, Singe vert mangabey[21] VIH-2, nucl. : 0 %. aa. : 48% (AB485670, Côte d'Ivoire)[22]

Histoire

Il a été établi que les deux types de VIH entraînant le sida chez l'Homme sont apparus à la suite de mutations lors de son passage du singe à l'Homme. Le passage aurait eu lieu dans la première moitié du XX^e siècle.

Le SIV n'a été découvert qu'en 1985 - chez un macaque rhésus souffrant du SIDAS - soit après la découverte du VIH.

Il a maintenant été établi que l'origine du VIH-2 est le SIVsmm du mangabey enfumé (Cercocebus atys) en Afrique de l'Ouest.

À l'origine du VIH-1, groupes M et N, le SIVcpzPtt. Il est toujours présent dans les populations des chimpanzés de l’Afrique Centrale de l’ouest (Pan troglodytes troglodytes) du Sud Cameroun. Le gorille de l’Ouest (Gorilla gorilla gorilla) est infecté par un virus, SIVgor, proche du VIH-1 groupe O. (Phylogénie des SIV et des VIH Mieux comprendre l’origine des VIH_ Martine Peeters, Marie-Laure Chaix, Eric Delaporte, MEDECINE/SCIENCES 2008 ; 24 : 621-8)

Syndrome d'immunodéficience acquise simien

Le SIDAS est la version simienne du sida. Il apparaît lorsqu'une espèce est contaminée par le SIV, et peut se développer au sein d'une nouvelle espèce, par le phénomène de franchissement des barrières d'espèce ^{[Passage contradictoire]} . Par exemple, la souche SIV_sm du singe mangabey enfumé (Cercocebus atys) d'Afrique de l'Ouest est la cause du sida simien chez le macaque rhésus. De nombreuses espèces de singes d'Afrique sont porteuses du SIV sans développer de sidas.

Béatrice Hahn de l'Université d'Alabama a montré que les chimpanzés pouvaient mourir du syndrome d'immunodéficience acquise simien (SIDAS). Elle aurait également montré que l'épidémie de sida en Afrique était la cause d'une mortalité accrue chez les populations de chimpanzés^[23]. En janvier 2009 Pandrea I, Silvestri G, Apetrei C. avaient déjà exprimé leur questionnement sur ce point dans AIDS in african nonhuman primate hosts of SIVs: a new paradigm of SIV infection. Curr HIV Res. 2009 Jan;7(1):57-72..

Recherche

Une étude des virus des singes (le Mandrillus leucophaeus) de l’île de Bioko en 2010 montre que la souche virale du SIDAS aurait un âge compris entre 32 000 ans et 74 000 ans, voire beaucoup plus, et non pas quelques centaines d'années comme on l'imaginait alors^[24].

Le VIH-1 ne provoquant le sida que chez l'homme (ce qui a été démenti par les découvertes plus récentes de Béatrice Hahn^{[réf. souhaitée]}), les chercheurs ne disposaient pas de modèle animal pour tester des médicaments par exemple. Dès 1992, plusieurs équipes se sont intéressées à la création de virus hybrides couplant le VIS et le VIH-1 qui pallierait cette difficulté : Klaus Überla produit en 1995 un virus hybride - RT-SHIV - capable d'induire le syndrome du sidas chez des macaques rhésus^[25].

Notes et références

1. (en) « Virus Taxonomy: 2023 Release », ICTV, août 2024 (consulté le 20 août 2024).
2. « Les chimpanzés sauvages souffrent d'une forme de sida » Olivier Donnars, La Recherche
3. (en) J. Takehisa, « Generation of infectious molecular clones of simian immunodeficiency virus from fecal consensus sequences of wild chimpanzees », J. Virol.,‎ 2007 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
4. (en) F. Liegeois, « HIV type-1 group O infection in Gabon: low prevalence rate but circulation of genetically diverse and drug-resistant HIV type-1 group O strains », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ 2013 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
5. (en) JC Plantier, « A new human immunodeficiency virus derived from gorillas », Nat. Med.,‎ 2009 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
6. (en) M.A. Rodgers, « Identification of rare HIV-1 Group N, HBV AE, and HTLV-3 strains in rural South Cameroon », Virology,‎ 2017 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
7. (en) D.J. Choi, « HIV type 1 isolate Z321, the strain used to make a therapeutic HIV type 1 immunogen, is intersubtype recombinant », AIDS Res. Hum. Retroviruses 13,‎ 1997 (lire en ligne, consulté le 14 octobre 2021).
8. (en) R.A. Heipertz,, « Significant contribution of subtype G to HIV-1 genetic complexity in Nigeria identified by a newly developed subtyping assay specific for subtype G and CRF02_AG », Medicine,‎ 2016 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
9. (en) MG Berg, « A high prevalence of potential HIV elite controllers identified over 30 years in Democratic Republic of Congo », EBio Medicine,‎ 2021 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
10. (en) B. Hiener, « Identification of Genetically Intact HIV-1 Proviruses in Specific CD4(+) T Cells from Effectively Treated Participants. », Cell. Rep.,‎ 2017 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
11. (en) M.O. Salminen, « Full-length sequence of an ethiopian human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolate of genetic subtype C », AIDS Res. Hum. Retroviruses 12,‎ 1996 (lire en ligne, consulté le 14 octobre 2021).
12. (en) F.R. Simonetti, « Antigen-driven clonal selection shapes the persistence of HIV-1 infected CD4+ T cells in vivo », J Clin Invest,‎ 2021 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
13. (en) G. Yebra, « A high HIV-1 strain variability in London, UK, revealed by full-genome analysis: Results from the ICONIC project », PLoS ONE,‎ 2018 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
14. (en) L. Hebberecht, « Characterizing viruses involved in local HIV transmission using near full-length genome sequencing », Unpublished,‎ 2020 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
15. (en) T. Li, « HIV-1 isolate 10818 from China, complete genome », Department of AIDS Research, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology,‎ 2018 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
16. (en) M.G. Berg, « A Pan-HIV Strategy for Complete Genome Sequencing », J. Clin. Microbiol.,‎ 2016 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
17. (en) J. Yamaguchi, « Near full-length sequence of HIV type 1 subtype J strain 04CMU11421 from Cameroon. », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ 2010 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
18. (en) K. Triques, « Near-full-length genome sequencing of divergent African HIV type 1 subtype F viruses leads to the identification of a new HIV type 1 subtype designated K », AIDS Res. Hum. Retroviruses,‎ 2000 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
19. (en) J. Yamaguchi, « Complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L », J. Acquir. Immune Defic. Syndr.,‎ 2019 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
20. (en) M.M. Lunar, « HIV-1 Unique Recombinant Forms Identified in Slovenia and Their Characterization by Near Full-Length Genome Sequencing », Viruses,‎ 2020 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
21. Jacques Pépin, Aux origines du SIDA, Seuil, 2019, p. 318
22. (en) N. Takekawa, « A comprehensive panel of infectious molecular clones derived from HIV isolates of BBI subtype infectivity panel », Unpublished,‎ 2009 (lire en ligne, consulté le 10 avril 2021).
23. (en) Study Finds Chimps Die From Simian AIDS, Dispelling Widely Held Belief Article de Lawrence K. Altman dans le New York Times, 22 juillet 2009
24. (en) Michael Worobey & al, « Island Biogeography Reveals the Deep History of SIV », Science, vol. 329, n^o 5998,‎ 17 septembre 2010 (DOI 10.1126/science.1193550, lire en ligne)
25. Vers un modèle animal pour le sida ? Article de Klaus Überla dans la Recherche

Lien externe

• (en) Description des propriétés du SIV