Malafeïev a été formé au club phare de Saint-Pétersbourg, le Zénith Saint-Pétersbourg, l'unique club dont il ait porté les couleurs.
Entre 2003 et 2012, il a joué 29 matchs avec l'équipe de Russie, souffrant d'une forte concurrence avec les deux autres gardiens internationaux russes, Akinfeev et Ovchinnikov.
Le jeudi , la femme de Viatcheslav Malafeïev, Marina Malafeyeva, 36 ans, est tuée sur le coup dans l'accident de sa voiture dont elle aurait perdu le contrôle, heurtant à grande vitesse un panneau publicitaire et terminant sa course sur le toit, selon le club et les médias locaux. La jeune femme, une ancienne hôtesse de l'air, mère de deux enfants, rentrait chez elle d'une soirée peu après 05H00 du matin, selon la presse locale. Son passager, le chanteur d'un groupe musical local, a été hospitalisé dans un état critique.
Le , il décide de mettre un terme à sa carrière internationale afin de consacrer plus de temps à ses enfants qu'il élève seul à la suite du décès de son épouse. Il met fin à sa carrière à la fin de la saison 2015-2016.
Il est actuellement chargé de trouver du logement aux nouveaux arrivants du Zénith, le vieux gardien de but voulant d'ailleurs rendre service à son club en travaillant dans l'immobilier.
