Commune réputée pour sa vieille ville datant du Moyen Âge, elle se situe à l’endroit où l’Untersee débouche dans le Rhin, à 413 mètres d’altitude. Son territoire se repartit sur les deux côtés du fleuve. Elle est un centre de transit connu entre la Suisse et l'Allemagne.
Durant le Moyen Âge, l’essor de la cité se poursuivit grâce au transbordement des marchandises transitant du Rhin au lac de Constance.
Stein am Rhein est mentionnée pour la première fois comme ville en 1267, année lors de laquelle elle reçoit les franchises. En 1457, elle obtient l’immédiateté d’Empire.
En 1484, Stein am Rhein passe sous l’autorité de Zurich qui introduit la Réforme en 1525 et sécularise le couvent. La ville devient schaffousoise en 1803.
Le , un bombardement américain inflige quelques dommages à des immeubles historiques de la ville. Le bombardement fait cependant neuf morts et 15 blessés graves.
La commune reçoit le Prix Wakker en 1972 pour la préservation exemplaire de son site urbain.
En 2007, pour célébrer le millénaire de la fondation de la ville, la Poste suisse édite trois timbres avec des photos de la localité.
Le graphique suivant résume l'évolution de la population de Stein am Rhein entre 1850 et 2008[5] :
Économie
Le tourisme est la principale ressource de la population locale. La ville connaît quelques activités industrielles : une fabrique de meubles (Dietiker Switzerland), une fabrique de sous-vêtements (Schiesser) et une entreprise d’électromécanique (Phoenix Mecano).
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