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Affecté le au Deuxième Bureau du GQG, Stanislas Naulin est encore à ce poste lors du déclenchement de la Première Guerre mondiale. Le , il est nommé à l'état-major du détachement d'Armée Foch qui deviendra le IXe Armée. Au cours de cette période, il participe aux combats des marais de Saint-Gond. Le , suivant le général Foch, il est muté à l'état-major du groupe provisoire de l'Armée du Nord durant cette période il participe aux derniers combats de la course à la mer.
Le , Stanislas Naulin devient le chef de corps du 170e Régiment d'infanterie, puis à partir du , il retrouve un poste dans un état-major en devenant sous-chef d'état-major de la VIe Armée.
Le , Stanislas Naulin est promu général de division. Il est nommé commandant supérieur des forces alliées en Haute-Silésie, le , puis commandant la division d'Oran le de la même année.
Le , Stanislas Naulin devient adjoint au général commandant en chef d'armée du Levant avec rang et prérogatives de commandant de corps d'armée. Il prend ensuite la tête du 30e corps d'armée, le . En 1925, il occupe les postes successivement de commandant supérieur des troupes au Maroc (CSTM) le , puis de commandant du 19e corps d'armée le .
Gérard Géhin et Jean-Pierre Lucas, Dictionnaire des généraux et amiraux français de la grande guerre 1914-1918, t. 2 : L-Z, Paris, Archives & culture, , 699 p. (ISBN978-2-350-77070-3, OCLC964013001).