La saison 2023-2024 du FC Annecy est la deuxième année de l'équipe première en championnat de France de football de Ligue 2 grâce au maintient acquis in extremis à la suite de la relégation administrative du Football Club Sochaux-Montbéliard, après avoir terminé à la 17e place de Ligue 2 2022-2023. Le maintien ou la relégation du FC Annecy a par ailleurs fait l'objet d'un intense débat, le club se retrouvant 17ème uniquement grâce à la victoire sur tapis vert du Rodez AF contre les Girondins de Bordeaux à la suite des incidents du match comptant pour la 38ème journée de championnat. Contestant l'équité sportive de leur relégation et du maintien du Rodez AF non acquis sur le terrain, le club a longtemps milité pour une Ligue 2 à 21. Ayant reçu une fois de non recevoir, ils acquièrent finalement leur maintien grâce à la faillite du FCSM, après que l'option un temps envisagée d'un championnat à 19 équipes afin d'anticiper le passage à 18 équipes en fin de saison ait été écartée
Le FC Annecy reste le seul club de football professionnel des Pays de Savoie depuis la disparition de l'eTG FC à l'été 2016. Le club reste donc engagé en Ligue 2 et en Coupe de France. L'équipe est toujours entraînée par Laurent Guyot qui a prolongé jusqu'en 2026.
Mis à jour après les matchs joués, au . Source : Ligue 2 Critères de départage : 1. Différence de buts générale ; 2. Plus grand nombre de points sur confrontations directes ; 3. Différence de buts particulière ; 4. Plus grand nombre de buts dans les confrontations directes 5. Plus grand nombre de buts à l’extérieur dans les confrontations directes ; 6. Meilleure attaque générale ; 7. Meilleure attaque à l’extérieur (général) ; 8. Club ayant marqué le plus grand nombre de buts sur une rencontre de championnat ; 9. Départage disciplinaire.
↑Seule la nationalité sportive est indiquée. Un joueur peut avoir plusieurs nationalités mais n'a le droit de jouer que pour une seule sélection nationale.
↑Seule la sélection la plus importante est indiquée.