Il passe son enfance à Manresa, où une école secondaire porte son nom. Il obtient son doctorat en pharmacie en avec une thèse sur la flore de Bages.
Il est également professeur de pharmacie et de botanique à l'Université de Barcelone ainsi que professeur à l'École d'agriculture. De à , il est président de l'Institut Catalan d'Histoire Naturelle, une organisation privée très importante dans l'histoire des sciences naturelles espagnoles, dont il dirige aussi la section botanique pendant le régime de Franco et jusqu'à sa mort. En , Font i Quer sépare le département de botanique du Musée des sciences naturelles et le transforme en une entité autonome, appelée Institut botanique de Barcelone(es). Son objectif principal est d'étudier les collections botaniques et de promouvoir la recherche.
En , il rejoint le corps militaire de la santé, où il atteint le grade de lieutenant-colonel pharmaceutique. Lors du soulèvement militaire de , il se trouve à Albarracín pour une excursion botanique avec ses élèves ; pour retourner à Barcelone, il doit traverser la ligne de front. Après la guerre, il subit donc des représailles, sous l'accusation de rébellion militaire, qui entraînent la perte de tous ses postes, ce qui lui rend difficile la poursuite de sa carrière scientifique.
Il est membre de l'Institut d'Estudis Catalans depuis , dont il devient président en , et vice-président des Congrès botaniques internationaux de Paris en et d'Édimbourg en .
Ses recherches couvrent l'ensemble de la péninsule ibérique et les régions montagneuses du Maroc sous contrôle espagnol, vers lesquelles il organise des excursions de collecte entre et . De ces collections et d'autres, qui lui avaient été confiées depuis ses premières années, il tire son ouvrage Iter Maroccanum (1928-1932), une collection d'exsiccata essentielle pour l'investigation de la flore de cette partie du monde. Il travaille assidûment, notamment en Catalogne, Valence et Ibiza et Formentera, ainsi que dans les montagnes d'Andalousie orientale.
Font i Quer participe à plusieurs travaux collectifs et dirige certains d'entre eux. Il est notamment un grand formateur (dont les ouvrages sont également populaires) de la terminologie botanique populaire et scientifique en langues catalane et espagnole. En ce sens, le Dictionnaire de Botanique (1953) se distingue, grâce auquel le vocabulaire de cette science jouit d'un degré de cohérence lexicale en espagnol qui fait souvent défaut aux autres. Il est le coordinateur de la lexicographie botanique du dictionnaire catalan de Pompeu Fabra.
Font i Quer est également l'auteur de l'ouvrage castillan le plus connu, continuellement réédité, sur la flore pharmaceutique : Plantas medicinales (Plantes médicinales). Il est sous-titré El Dioscórides renovado (Le Dioscoride rénové), pour honorer les anciennes révisions Renaissance de l'œuvre de Dioscoride, en particulier celles d'Andrés Laguna et d'Andrea Mattioli. C'est une œuvre qui se distingue par sa qualité littéraire et essayistique, ainsi que par la richesse et l'accessibilité de l'information qu'elle contient.
Il a décrit au cours de sa vie plus de 300 taxons différents[1].
(ca) Juan Cadevall y diars, P Font Quer, Angel Sallent y Gotés et Institut d'Estudis Catalans, Flora de Catalunya: enumeració y descripció de les plantes vasculars espontanies de l'antic principat fins avuy conegudes y de les més importants que s'hi cultiven, Institut de Ciencies, (OCLC697780186, lire en ligne)
(es) Giuseppe Gola, Giovanni Negri, Carlo Cappelletti et Pío Front y Quer, Tratado de botánica, Editorial Labor, (OCLC3068641, lire en ligne)
(ca) P Font Quer, Formes noves de plantes, Museu de Ciències Naturals, (OCLC11968673, lire en ligne)
(ca) Antonio González Bueno et P Font Quer, Les campanyes botàniques de Pius Font i Quer al nord d'Africa, Ajuntament de Barcelona ; Institut d'Estudis Ilerdencs, Diputació de Lleida, (OCLC28889867, lire en ligne)
(la) P Font Quer, Illustrationes florae occidentalis: quae ad plantas Hispaniae, Lusitaniae et Mauritaniae, novas vel imperfecte cognitas, spectant, Museo de Ciencias Naturales, (OCLC12282679, lire en ligne)
(es) José María Albareda Herrera et Pío Font Quer, Medicamenta: guía teórico-práctica para farmacéuticos y médicos, Labor, (OCLC1024697231, lire en ligne)
(es) P Font Quer, Morfologia, nomenclatura i geografia de l'Arenaria aggregata (L.) Lois., (OCLC27650380, lire en ligne)
(es) Pius Font i Quer et Eugeni Sierra i Ràfols, Diccionario de botánica: seguido de un vocabulario ideológico en el que se ordenan conceptualmente las voces del diccionario, Labor, (ISBN978-84-335-5804-6, OCLC801848513, lire en ligne)
